最近，国家税务总局先后下发《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）和《关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发[2010]53号），就加强土地增值税征收管理（清算）工作作出进一步规定。
统一规定并适当提高预征率
税法规定，土地增值税清算前要实行按收入的一定比例预征，该预征率由各地自行确定。但大多数地方规定的预征率偏低，导致大部分房地产开发商不愿意进行清算补税。因此，本次国税发[2010]53号文件提出要科学合理制定预征率，并直接确定最低预征率。文件规定，除保障性住房外，东部地区省份预征率不得低于2%，中部和东北地区省份不得低于1.5%，西部地区省份不得低于1%，各地要根据不同类型房地产确定适当的预征率（地区的划分按照国务院有关文件的规定执行）。
核定征收比例提高
土地增值税的计征办法有查账清算和按收入的固定比例核定征收两种方式，采取核定征收方式的，无论开发项目利润是多少，都按固定比例纳税。因此，部分房地产企业为了少缴土地增值税，以各种理由选择核定纳税。国税发[2010]53号文件第四条要求规范核定征收，堵塞税收征管漏洞。文件指出，核定征收必须严格依照税收法律法规规定的条件进行，任何单位和个人不得擅自扩大核定征收范围。凡擅自将核定征收作为本地区土地增值税清算主要方式的，必须立即纠正。对确需核定征收的，要严格按照税收法律法规的要求，从严、从高确定核定征收率。为了规范核定工作，核定征收率原则上不得低于5%，各省级税务机关要结合本地实际，区分不同房地产类型制定核定征收率。
按售房合同金额确认收入
土地增值税清算时，有些房地产公司迟迟不给购房者开具发票，从而影响对收入的确认。鉴于此，国税函[2010]220号文件在收入确认方面规定，土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入。未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
未取得发票的开发成本不得扣除
土地增值税清算一般在项目完工并大部分销售后，因此，计提的以及未开具发票的成本费用不得计入扣除项目，即使是扣留的质量保证金部分也是如此。国税函[2010]220号文件第二条规定，房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除。未开具发票的，扣留的质量保证金不得计算扣除。
房地产开发费用按比例计算扣除
房地产开发费用只包括管理费用、销售费用和财务费用。财务费用中的利息费用，扣除独立计算，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。即不计入开发成本中扣除，不实行加计扣除。国税函[2010]220号文件规定：
1.财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
2.凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。对此，部分省市明确规定，没有利息支出的，只能按规定在5%之内计算扣除。
拆迁安置房既算收入也算扣除
房地产企业的拆迁补偿支出，在计算土地增值税时，计入开发成本。但如果房地产企业用自行开发建造的房产项目安置回迁户，安置用房视同销售处理，按照《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第一项的规定确认收入，同时，将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费。回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。如开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值也要按规定计算收入，同时计入本项目的拆迁补偿费。异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。对于货币安置拆迁的，企业应凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
国税函[2010]220号文件同时规定，房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。虽然此项费用可以在企业所得税税前扣除，但计算土地增值税时，不得扣除。文件对实践中不明确的企业为取得土地使用权所支付的契税，允许计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。