《中华人民共和国增值税暂行条例》（中华人民共和国国务院令2008年第538号）规定，“购进或者销售货物以及在生产经营过程中对所支付运输费用，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。”运输发票是增值税进项税的重要抵扣凭证，近年来，由运输费用引发偷逃增值税、企业所得税现象也不断发生，因此，2010年国家税务总局将交通运输企业列入了专项检查的重点。
税务部门在检查中发现，受票企业通过接受虚开的运输发票骗抵增值税进项税款是交通运输企业虚构运输业务违法开具发票的主要原因。造成这一现象的发生，归结起来这有两方面原因。在政策方面，由于运输企业开具运输发票营业税金为3%（不考虑所得税）而在受票方可按7%抵扣增值税；体制方面，运输企业营业税及运输发票由地税部门负责管理，而可抵扣的进项税由国税部门进行管理，这很容易造成同一发票的管理脱节，形成管理真空。
基于国家税收检查力度的加强，在此，结合中国税网日常在线咨询中，大家比较关注的热点和难点问题，笔者总结了以下四个企业在使用运输发票方面容易出错和忽视的地方，希望引起受票企业和运输企业的重视。
第一，取得票种及开具内容是否合法有效
按规定自开票纳税人和代开票单位必须按照规定逐栏、如实填开货物运输业发票，必须填写该增值税一般纳税人的名称和纳税人识别号。货运发票的发货人、收货人、起止地、运输方式、货物名称、数量单价、运输金额必须填写齐全，并与购销货发票所列的有关内容相符，运输发票支付货款单位必须与抵扣凭证的销货单位或者提供劳务单位一致。
《国家税务总局关于公路、内河货物运输业统一发票增值税抵扣有关问题的公告》（国家税务总局公告[2006]2号）规定，自2007年1月1日起，增值税一般纳税人购进或销售货物，取得的作为增值税扣税凭证的货运发票，必须是通过货运发票税控系统开具的新版货运发票。纳税人取得的2007年1月1日以后开具的旧版货运发票，不再作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。
因此，取得运输发票单位如相关信息不符合上述规定，计算的增值税进项税额不能抵扣。
第二，申报抵扣是否符合规定
运输发票申报抵扣应关注《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）第一条规定：增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、道路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
第三，申报程序是否符合规定
增值税一般纳税人取得的所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，应根据相关运输发票逐票填写并报送《增值税运输发票抵扣清单》（还需同时报送电子信息），必须填写其中的“取得运输发票单位名称及识别号”栏，否则，所取得的运费发票不能作为增值税进项抵扣凭证；未单独报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质资料及电子信息的，其运输发票进项税额不得抵扣；未按规定要求填写《增值税运输发票抵扣清单》或者填写内容不全的，该张运输发票就不能计算抵扣进项税额。但2007年4月1日起，取得运输发票需要通过认证后可以抵扣。
第四，擅自扩大抵扣金额
准予抵扣进项税额的运输费用，是指运输单位开具的发票上注明的运费、建设基金，但不包括随同运费支付装御费、保险费等其它杂费。
有些企业将购进固定资产支付的运费列入进项税进行抵扣；向非一般纳税人购进货物，因无法取得增值税专用发票抵扣税款，由购货方将购物的货款以运输发票充数，按照7%抵扣进项税额；购进或者销售免税货物所发生的运输费用，作为进项税额抵扣；购货单位详细运输记录中的装卸、吊装、仓储、清理等杂费也混入运输费中。
当税务机关质疑受票单位运输业务真实性或税务检查机关发现开票单位存在虚拟运输业务时，将通过对购货和运输单位对应的物流、票流、资金流方面进行核查，对企业的供应、财务部门、运输部门分别调查，结合材料采购、货物运输、资金支付以及财务处理进行多方位查证，加以相互印证。其虚开运输发票事实会暴露出来，受到应有的处罚。
综上所述，笔者认为，无论是运输业还是取得运输发票单位，都应提高对税法的遵从度，充分认识违法成本及不良后果对企业持续经营产生的重大影响。