企业注销有很多种原因。对于破产的那种，存货可能都用来抵债了。但是事实中企业因歇业、解散、撤销等情形，注销税务登记和注销登记等情况时有发生。企业注销登记时都或多或少有存货〔原材料、包装物、低值易耗品、半成品、产成品、商品、分期收款发出商品等〕留存。
对注销登记企业的存货如何进行税收处理，各地的处置办法不尽相同，目前主要有三种观点：一是作进项税额转出，调整应纳税额；二是视同销售，就整个存货留抵税额补税；三是分别情况作出处理。对于这三种方法的运用主要看企业注销的原因：
一、 一般纳税人在企业注销时的存货处理方法
一般纳税人企业申请注销税务登记时，如果企业销项税金大于进项税金，并且按注销企业的有关政策规定交纳增值税后，企业还有存货余额的，其存货余额部分应按存货的适用税率计算补交已抵扣的税款，因为存货在当初购进时其进项税金已作了抵扣，减少了当期应交税费，既然现存货已经退出了企业的经营活动，所以要对先期已抵扣的进项税进行调整。这不仅符合增值税的立法原则，而且也能避免税收流失，同时也可防止企业利用高存货增大抵扣税金偷逃税款。
企业依法注销同时取消增值税一般纳税人资格，说明企业将不再存续，此时清算应注意，企业对所有的资产包括存货是如何处理的，如果分配给股东或投资者，则应视同销售；如果无偿赠送他人，则应视同销售；如果已没有使用价值而废弃或盘亏，应作非正常损失，作进项税额转出，补缴税金。
二、小规模纳税人在企业注销时的存货处理方法
由于小规模纳税人企业在政策上的特殊性，因此小规模纳税人企业购进货物无论是否取得增值税专用发票，其支付的增值税额均不得进入进项税额，不得由销项税额抵扣，而应计入购货成本。因此，经核实其存货属正常范围的（即平时税负正常，存货帐实相符，无虚假），不应作进项税转出或计提销项税等征税处理。小规模纳税人企业注销时，其存货不作纳税调整。
三、一般纳税人划转为小规模纳税人时的存货处理方法
按税收政策规定，年应征增值税销售额在180万元以下的从事货物批发或零售的一般纳税人以及年应征增值税销售额在100万元以下的从事货物生产或提供应税劳务的一般纳税人应划转为小规模纳税人企业进行管理。取消一般纳税人资格转为小规模纳税人其存货性质未发生变化，作进项税额转出是没有法律依据的，如果在划转时，企业销项税大于进项税，且企业有存货余额的，应先按存货购进原价进行价税分离，分离出的增值税额应计入原一般纳税人的销项税金中去，再按原存货的购进价税合计金额计入划转后的小规模纳税人企业存货账簿中。
四、小规模纳税人转为一般纳税人时的存货处理方法
按税收政策规定，年应征增值税销售额在达到180万元以上的从事货物批发或零售的小规模纳税人和年应征增值税销售额在达到100万元以上的从事货物生产或提供应税劳务的小规模纳税人，应划转为一般纳税人企业进行管理。在划转时，如果小规模纳税人有存货余额的，由于小规模纳税人不具有增值税专用发票的使用权，而划转后的一般纳税人购进货物的进项税可以抵扣，因此原小规模纳税人可依存货购进价税合计金额到税务机关服务窗口开具增值税专用发票，并按政策规定完税，新划转的一般纳税人企业可将取得的税务机关开立的增值税专用发票上注明的增值税款进行抵扣。
五、企业注销后再销售存货的处理方法
一般纳税人企业和小规模纳税人企业注销税务登记后，企业已不能再进行经营活动了，如果企业存货没有处理完毕，过一段时间后还有存货需要销售时，应持购货单位的结算证明和双方的购销协议，到税务机关开立普通发票，并按税收政策规定按征收率交纳税款。