（一）监督
监督是税务审计最基本的职能，具体地说，就是税务机关的管理部门在税收法律和法规的约束范围内，对纳税人生产经营和履行纳税义务、扣缴义务情况的真实性和公允性进行监督，并通过审查，揭示其错弊，督促纳税人遵守国家的税收法律、法规，履行纳税义务和扣缴义务，使其经营行为和纳税行为做到合法、有效。
（二）评价
评价就是通过审查验证，依据凿实的数据及资料，对纳税人财务核算成果是否真实合法、纳税义务和扣缴义务是否依法履行进行评价。它是在监督的基础上，对纳税人取得的成就、存在的不足给予更深刻的揭示和说明，从而使纳税人能不断提高经营水平和纳税遵从度。
（三）鉴证
鉴证是审计活动具有的一种共性职能，税务审计也不例外。它是通过审核和查验，依审查的结果向纳税人出具查验证明。这种证明以书面形式公示出纳税人在财务核算和纳税行为上的真实结果，其内容和形式都是符合法律规范的，因而具有法律效力。
（四）服务
税务审计的服务职能主要体现在两个层面：其一，纳税人财务核算和纳税申报真实、正确、可靠与否，将直接涉及国家、投资人甚至债权人的利益，通过税务审计，揭示问题，规范行为，为纳税人在该做什么、如何做好上提供法律参照和规范。因此，从微观管理层面上讲，税务审计本身就是一种服务。其二，通过税务审计的介入，使得国家在税收管理的法律、法规、政策、制度和办法等方面存在的问题得以发现和归集，为进一步完善税收管理制度，提高税收管理水平提供导向和思路，进而为国家宏观管理决策提供服务。
税务审计的一个作用就是，通过分析企业业务流程，查找企业经营管理上的漏洞，提出合理化的建议；查找企业潜在的税务问题，提出税务预警，它是一种变被动的服务为主动的服务。
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