在税务稽查活动中，一旦出现税务稽查纠纷，纳税人的头脑一定要冷静，最好坐下来认真分析一下产生税务稽查纠纷的原因与主要分歧，紧紧围绕税收法规思考和处理税务稽查纠纷。对于税务稽查人员态度恶劣、粗鲁，欺人太甚都应该提出抗议，根据《国家公务员法》向有关部门提出抗议是完全可以的。纳税人自己的权利应由纳税人自己来保护。
（一）分析税务稽查纠纷的方法与技巧。
1.分析检查人员有没有越权。
《税收征收管理法》赋予税务稽查人员六项权利，但纳税人要留意稽查人员在税务稽查过程中是否越权，如果越权可能会形成执法不当，纳税人完全可以不予理睬。税务稽查人员拥有以下六项主要权利：①查账权，②场地检查权，③责成提供资料权，④询问权，⑤在交通要道和邮电企业的查证权，⑥查核存款账户权。
2.分析税务稽查人员掌握的证据是否充分。
事实上，有些税务稽查人员在查处税收违法案件过程中往往捕风捉影、牵强附会、生拉硬扯，强行定案。诸如此类的问题，在目前的税务案件中，所占的比例还不小，保守点估计，至少要占税务稽查案件的30%以上。可以这样说，取证不足，是目前基层税务稽查工作的通病，许多税务稽查人员的工作底稿取证明显不足，财务逻辑性不强。此外，对有关事实尚未查清就定案的也屡见不鲜。因此，一旦发生税务稽查纠纷，纳税人完全可以利用稽查环节中的这些弱点，进行还击，依法维护自身的合法权益。
3.分析税务稽查人员的执法程序是否合法。
税收执法和其他法律部门一样，在具体的执法过程中，要讲究程序，一旦程序错误，即使其他方面没有问题，最终的案件认定也不能成立。因此纳税人要利用有关法律的这一规定，以维护自身的正当权益。
（1）税务登记环节：纳税人没有按照税法的规定办理税务登记、建账建制、保管税务机关要求保管的账册凭证、向税务机关报送税务机关要求报送的资料的，税务机关应先实施教育程序，即限期改正，如果限期不改的，才能给予处罚。
（2）纳税申报期限：企业是否超出纳税期限仍未纳税。如果该纳税的，但未超出纳税期限的不能予以处罚。
（3）税务检查环节：税收保全、税收强制执行等环节，税务机关的做法是否正确，有无强制征收、强行处理的情况。
（4）税收执法程序：税务机关有没有违反执法程序要求的做法。
4.分析税务稽查纠纷问题的性质。
在处理税务稽查纠纷过程中，对于每一个纳税人而言，有一个问题必须认真加以研究，即对所涉及的税务稽查纠纷问题的性质的界定，是属于偷税还是过失（核算错误）；是属于违法还是犯罪。因为纳税人偷税与纳税人由于核算错误而造成的过失，在法律上所要承担的法律责任是不一样的，一旦被确认为犯罪，情况将更糟。所以，纳税人必须认真加以辨识自身所存在的问题是属于偷税还是属于过失。