不应扣除的成本费用未调整应纳税所得。这种错误在现实中较多，一是以不合规票据列支的成本费用未能调整应纳税所得。实务中，有些企业经常以“无抬头”、“抬头名称不是本企业”、“抬头为个人”或以前年度发票为依据列支成本费用，这些成本费用违反了税法所要求的真实性原则，应当调整应纳税所得，而在实际工作中未调整应纳税所得。二是因核算不正确或不准确而多结转的成本费用未调整应纳税所得。如一些企业随意改变成本核算、成本结转方法，以致于违反会计准则多结转生产成本费用，按照税法规定，这些多结转的生产成本费用就不能扣除，就应调整应纳税所得，而在实际操作中没有调整应纳税所得。三是未实际发放的工资未调整应纳税所得。依照税法规定，可以在企业所得税税前扣除的工资应当是企业已实际发放且属于合理的工资，而那些未实际发放，如一些企业计提未发给职工的工资，就应调整应纳税所得，可在现实中不少企业就没有调整应纳税所得。
权益性投资所得未按规定调整应纳税所得。一种情形是符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，来按规定调整应纳税所得。所谓符合条件是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益；另一种情形是在中国境内设立机构场所的非居民企业从居民企业取得与该机构场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，未按规定调整应纳税所得。须注意的是上述两方面所取得的股息、红利等权益性投资收益，均不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。
从事农、林、牧、渔业项目的所得未调减应纳税所得。就是一些企业将全额调减与减半调减相混淆。按税法规定，企业从事下列项目（①蔬菜、谷物等的种植；②农作物新品种的选育；③中药材的种植；④林木的培育和种植；⑤牲畜、家禽的饲养；⑥林产品的采集；⑦农、林、牧、渔服务业项目；⑧远洋捕捞）的所得，应全额调减应纳税所得，而有的企业减半调减；也有一些企业对从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；海水养殖、内陆养殖项目的所得，应减半调减应纳税所得，而一些企业则是全额调减。
从事国家重点扶持的公共基础设施项目的所得未按规定调减应纳税所得。如企业从事《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定的港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目的投资经营所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年应全额调减应纳税所得，第四年至第六年应减半调减应纳税所得，而不少企业在汇算清缴中却是全额调减。还有的企业承包经营、承包建设和内部自建自用上述项目，按税法规定不得调减应纳税所得，而这些企业在汇算清缴中全额调减或减半调减应纳税所得。
从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得未按规定调减应纳税所得。一些企业从事符合国家所明确规定的公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等项目的具体条件和范围的所得，按税法规定，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年可全额调减应纳税所得，第四年至第六年只能减半调减应纳税所得，而有些企业在第四年至第六年仍然全额调减应纳税所得。
符合条件的技术转让所得未按规定调减应纳税所得。按税法规定，一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，应全额调减应纳税所得；超过500万元的部分，只能减半调减应纳税所得，可一些企业却是全额调减应纳税所得。
加计扣除事项未按规定调减应纳税所得。一种情况是企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实调减应纳税所得的基础上，不是按照研究开发费用的50%加计调减应纳税所得；形成无形资产的，不是按照无形资产成本的150%摊销；另一种情况是企业安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实调减应纳税所得的基础上，不是按照支付给残疾职工工资的100%加计调减应纳税所得。
创投企业未按规定调减应纳税所得。少数创投企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业2年以上的，不是按照其投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额，而是按照其投资额的80%或更多甚至于全额调减应纳税所得。
资源综合利用所得未按规定调减应纳税所得。企业以《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的资源作为主要原材料，且该原材料占生产产品材料的比例不低于《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定标准的，生产国家非限制和禁止并符合国家和行业相关标准的产品取得的收入，应减按90%计入收入总额，而在实务中有些企业不是未减按90%比例计入收入总额，就是原材料占生产产品材料的比例低于《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的标准，仍然减按90%计入收入总额。