1.资产类项目的计税基础确定不当未进行调整。按税法规定确定的资产类项目的计税基础金额，是能够在税收上得到补偿的，反之，不按税法规定确定的资产类项目的计税基础金额，就不能够在税收上得到补偿，即不能在税前扣除，因此，在汇算清缴中对不按税法规定确定的资产类项目的计税基础金额，就要进行调整，而在实务中计税基础确定不当的情形常有以下三种：一是自行建造的固定资产，未以竣工结算前发生的支出为计税基础，如将竣工结算后发生的借款利息等也列入计税基础之中；二是通过捐赠、投资、非货币性资产交换、债务重组等方式取得的固定资产，未以该资产的公允价值和支付的相关税费为计税基础，而是以自行确定的或以双方合同确定的价值，以及支付的相关税费为计税基础；三是外购的无形资产，应以购买价款和支付的相关税费以及直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出为计税基础，而有些企业将不直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出，如将购置前为引入新产品进行宣传发生的广告费、管理费用以及其他间接费用也计入计税基础之中，还有的企业还将无形资产已达到预定用途以后发生的费用。例如，在形成预定经济规模之前发生的初始运作损失，以及在无形资产达到预定用途之后发生的其他经营活动的支出，也计入无形资产成本，以扩大无形资产的计税基础，从而多计摊销，少计应纳税所得。
2.计提的固定资产折旧或无形资产摊销不当未进行纳税调整。此方面常有四种表现：（1）固定资产应按直线法计提折旧，而实务中，有些企业对一些新购的较大数额的固定资产，未经主管税务机关批准，就按双倍余额递减法或按年数总和法等加速折旧的方法计提折旧，在汇算清缴中也不进行纳税调整。（2）企业应当自固定资产投入使用月份的次月起计算折旧；而一些企业在投入使用的当月就计提折旧，在汇算清缴中亦未进行纳税调整。（3）因确定的折旧或摊销的最低年限不当而计提的折旧或摊销，在汇算清缴中未进行纳税调整。如按《实施条例》第六十条规定，除另有规定外，飞机、火车、轮船、机器、机械和其他生产设备的最低年限为10年，可有些企业对一些机器、机械和其他生产设备，却按8年或5年计提折旧；再如无形资产的摊销年限不得低于10年，而一些企业则按低于10年的期限进行摊销，并在汇算清缴中遗漏对此进行的纳税调整。（4）计提的固定资产折旧或无形资产摊销与其计税基础不相对应的未进行纳税调整。这主要指一些企业在当年购买了一项固定资产或无形资产，并在其投入使用月份的次月起计提了折旧或摊销，但年终前未能取得相关发票，则该项固定资产或无形资产的计税基础应为零，即税前列支的折旧或摊销也应为零，企业就要对计提的折旧或摊销，进行纳税调整，而现实中不少企业就没有进行纳税调整。
3.未经批准的资产损失支出未进行纳税调整。按照财税[2009]57号文件规定，资产损失包括：现金损失、存款损失、坏账损失、贷款损失、股权投资损失、固定资产和存货的盘亏、毁损、报废、被盗损失、自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。同时，按照国税发[2009]88号文件规定，企业实际发生的资产损失按税务管理方式可分为自行计算扣除的资产损失和须经税务机关审批后才能扣除的资产损失两大类。上述规定表明，企业经营发生的资产损失并非全部能够自行计算扣除，部分资产损失须经税务机关审批后方可列支，因此，对于那些须经税务机关审批，但未获得批准即未取得批文的资产损失列支，就要进行纳税调整，而在汇算清缴中，他们则是未能做到正确调整。