不同情况下的处理有所不同非同一控制下的企业合并，按《企业会计准则第20号——企业合并》及其应用指南规定，
1.非同一控制下的吸收合并，购买方在购买日应当按照合并中取得的被购买方各项可辨认资产、负债的公允价值确定其入账价值，确定的企业合并成本与取。
(1)不属于合并的一般投资，这种情况下，被投资单位不需要结束旧账，所以评估被投资单位价值所采用的方法与将来的账务处理没有直接的关系，而评估的主要目的是确认投资前后各方权益份额的依据，不涉及被投资公司账面价值差异的处理问题。
(2)改制企业在改制同时吸收投资，一般来说，改制后企业建立新账时各项资产应该按公允价值入账，这种情况下如果仅用收益法评估企业价值常常不能满足后续工作需要，所以，原理上通常是同时采用收益法与成本法进行评估，或者以收益法为主，但为了确定所有者权益价值，对各项资产负债的公允价值也予以列示，以便于确定所有者权益的公允价值。这样，建立新账是各资产、负债项目就可以按评估结果确定。
(3)得被购买方可辨认净资产公允价值的差额，应确认为商誉或计入当期损益。
2.非同一控制下的控股合并，母公司在购买日编制合并资产负债表时，对于被购买方可辨认资产、负债应当按照合并中确定的公允价值列示，企业合并成本大于合并中取得的被购买方可辨认净资产公允价值份额的差额，确认为合并资产负债表中的商誉。企业合并成本小于合并中取得的被购买方可辨认净资产公允价值份额的差额，在购买日合并资产负债表中调整盈余公积和未分配利润
3.非同一控制下的企业合并形成母子公司关系的，母公司应自购买日起设置备查簿，登记其在购买日取得的被购买方可辨认资产、负债的公允价值，为以后期间编制合并财务报表提供基础资料。
对合并中取得的被购买方各项可辨认资产、负债及或有负债的公允价值的确定，准则应用指南给出了具体、明确的规定，可以依据。