国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》通知明确规定“企业发生的职工福利费，应该单独设置账册，进行准确核算。没有单独设置账册准确核算的，税务机关应责令企业在规定的期限内进行改正。逾期仍未改正的，税务机关可对企业发生的职工福利费进行合理的核定”。有人据此认为，税务部门要求企业“单独设置账册”，就是要求企业对职工福利费的支出在专门设置的账册中单独进行核算，即必须将对职工福利费进行明细核算的账页单独装订成册，而不仅是简单设置账户。这不仅说明了税务部门已非常重视对职工福利支出税前扣除的管理，而且也体现了职工福利费核算本身对纳税影响的重要性。
但是，国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》实际上并没有对究竟如何“单独设置账册”，以及如何“准确核算”职工福利费的问题予以明确说明。笔者认为，如果拘泥于“成册”的形式，但一般企业仅几页纸的职工福利费明细账页如何装订成册？而如果强调职工福利费核算对纳税影响的重要，那对纳税影响更重要的成本、费用科目的核算是不是更应该“单独设置账册”？还有，如果企业对职工福利费设置的账户和核算的账页能够满足税务部门核算清晰、规范、准确的要求，且便于日常纳税申报和税收征管，而如果企业职工福利费的核算内容又确实很少，如仅仅几页纸，那有没有必要拘泥于单独装订成册的形式呢？所以，究竟应该如何执行好国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》的上述规定还有待税务总局予以明确。
鉴于以上分析，笔者认为，在税务部门对上述问题未明确解释以前：
一方面，企业最起码应该单独设置核算职工福利费的专门账户，清晰和准确核算职工福利费的各项明细内容。如执行《企业会计制度》的企业可单独设置“应付福利费”一级账户，必要时再在此一级账户下设置二级明细账户；执行《企业会计准则》的企业，在“应付职工薪酬”一级科目下设置专门的二级明细账户，必要时可专门增设核算职工福利费的一级账户——“职工福利费支出”，再在此一级账户下设置二级明细账户。
另一方面，在设置上述账户的基础上，如果企业能够对发生的职工福利费从支出的计划、确认，到原始凭证的审批和会计凭证的记载、复核，再到对有关职工福利费账户的登载等都能够严格按照真实、清晰、规范和准确的要求进行，达到便于企业自身纳税申报和税务部门日常监督、检查的目的，在这种情况下，笔者认为，不管是日常的税收征管还是税务稽查，都不会再拘泥于必须“单独设置账册”，更不会对企业发生的职工福利费“进行合理的核定”。但是，如果不能达到上述要求，则不管是日常的税收征管还是税务稽查，一旦发现企业的职工福利费核算存在问题，都可能责令企业在规定的期限内进行改正，逾期仍未改正的，则很可能对企业发生的职工福利费进行合理的核定。所以，企业必须充分领会国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》对职工福利费进行规范核算的精神实质，做好职工福利费的核算工作。