上市公司股权分置改革，是通过非流通股股东和流通股股东之间的利益平衡协商机制，消除A股市场股份转让制度性差异的过程。
目前，我国上市公司股权分置改革基本已经完成。综观整个股权分置改革，补偿流通股的形式主要分为两类：
1、非权证形式的补偿：包括：
（1）非流通股股东直接支付现金给流通股股东；
（2）送股给流通股股东（如10送4），使流通股股东的持股比例将上升，非流通股股东不送股，持股比例将下降；非流通股股东缩股（如按照1：0.65的比例单向缩股），将使非流通股持股比例下降，流通股股东持股比例上升；
（3）将上市公司资本公积金转增或派发股票股利形成的股份中非流通股股东分得的部分，送给流通股东，使流通股股东持股比例上升；
（4）非流通股股东向上市公司注入优质资产、豁免上市公司债务、替上市公司承担债务，将使上市公司价值增加，使流通股股东的权益增加；
（5）承诺。
2、权证形式的补偿：包括非流通股股东向流通股股东发放认购权证和认沽权证，在特定时期内行使该权利，使流通股股东获益。
而《国家税务总局关于股权分置改革中上市公司取得资产及债务豁免对价收入征免所得税问题的批复》（国税函[2009]375）号文主要针对的就是股权分置改革中非权证形式补偿中的第四类， 非流通股股东向上市公司注入优质资产、豁免上市公司债务、替上市公司承担债务，使上市公司价值增加，从而导致流通股股东的权益增加。
对于在股权分置改革中这种形式的对价补偿，实际上涉及到的是三方税务处理的问题：
1、非流通股股东：对于非流通股股东注入优质资产、豁免上市公司债务、替上市公司承担债务，非流通股股东应做如何的税务处理；
2、流通股股东：由于非流通股股东采取上述方式增加的上市公司价值，流通股股东权益增加了是否要进行相应的税务处理
3、上市公司：上市公司取得非流通股股东注入优质资产、豁免债务或替为承担债务税务上应如何处理。
对于股权分置改革的会计处理问题，财政部专门下发了《上市公司股权分置改革相关会计处理暂行规定》（财会[2005]18号），下面，我们将就具体案例，结合会计处理来讲讲股权分置改革涉及的这三方的税务处理问题；
案例：A上市公司进行股权分置改革。假设证监会的相关规定，公司达成了如下三种股权分置改革方案：
方案1：非流通股股东豁免上市公司欠该股东的1000万的债务
根据《上市公司股权分置改革相关会计处理暂行规定》（财会[2005]18号）：非流通股股东应做如下会计处理：
借：股权分置流通权 1000万
贷：应收账款 1000万
由于上市公司增加了1000万的资本公积，非流通股股东也需要进行相应的会计处理。如果该非流通股股东持股比例超过50%，对上市公司形成控制的，其对持有的上市公司股权按成本法核算，则无需进行会计处理。如果其持有上市公司股权只有30%，不构成控制，只是重大影响的，其对上市公司股份按权益法核算，则应同时做如下会计处理：
借：长期股权投资——其他权益变动 300万（1000×30%）
贷：资本公积——其他资本公积 300万
上市公司应做如下会计处理：
借：应付账款 1000万
贷：资本公积——其他资本公积 1000万
对于流通股股东，其持有的上市公司的流通股一般应作为交易性金融资产或可供出售金融资产进行会计核算。对于这两类金融资产的会计处理，在非流通股股东通过向上市公司注入优质资产或豁免债务环节，流通股股东是不需要进行会计处理的。他们只需要在资产负债表日根据这两类金融资产的公允价值分别进行会计处理。如果是交易性金融资产，公允价值变动计入当期损益。而可供出售金融资产的公允价值变动则计入资本公积——其他资本公积。
税务处理：
非流通股股东豁免上市公司债务，不能直接确认坏账损失在企业所得税前扣除。而是作为取得非流通股的流通权支付的对价，在流通股转让时扣除。比如，该非流通股股东持有上市公司1000万股非流通股，初始的计税成本为3元/股。在进行股权分置改革后，非流通股股东豁免了上市公司1000万元债务，这就相当于每股非流通股增加1元成本。假设该非流通股股东转让了300万股，每股10元，则税收上应确认的转让收益=300×10-300×3-300/1000×1000=1800（万元）。
上市公司取得的债务豁免，根据《国家税务总局关于股权分置改革中上市公司取得资产及债务豁免对价收入征免所得税问题的批复》（国税函[2009]375）的规定：股权分置改革中，上市公司因股权分置改革而接受的非流通股股东作为对价注入资产和被非流通股股东豁免债务，上市公司应增加注册资本或资本公积，不征收企业所得税。这个已经是非常明确的了。
对于流通股股东，在该方式下，非流通股股东是通过豁免上市公司债务，提高上市公司价值变相提高流通股股东持股权益的，此时流通股股东并为获得任何直接的对价支付。因此，国税函[2009]375中提到的，《财政部、国家税务总局关于股权分置试点改革有关税收政策问题的通知》（财税[2005]103号）中关于“股权分置改革中非流通股股东通过对价方式向流通股股东支付的股份、现金等收入，暂免征收流通股股东应缴纳的企业所得税和个人所得税”对这种股权分置改革方案是不适用的。流通股股东此时不需要进行任何税务处理，其持有流通股股权的暗含增值收益将在转让时一并体现，如果是企业股东，转让时收益缴纳企业所得税。个人股东通过证券市场转让股票收益暂免征收个人所得税。
方案2：非流通股股东替上市公司承担1000万债务
这种方式下，三方的会计和税务处理和第一种方式基本一致。只不过是在非流通股股东的会计处理中，将贷方贷的应收账款换为应付账款而已。这里，就不详细解说了。
方案3：非流通股股东将其持有的其全资房地产公司的100%的股权注入上市公司作为股改对价。该长期股权投资注入前的账面价值为1000万元，计税成本和账面价值相同，公允价值2000万。
非流通股股东的会计处理
根据《上市公司股权分置改革相关会计处理暂行规定》规定：企业根据经过批准的股权分置方案，向上市公司注入优质资产、豁免上市公司债务、替上市公司承担债务的，应按照注入资产、豁免债务、承担债务的账面价值，借记“股权分置流通权”科目，贷记相关资产或负债科目。
借：股权分置流通权 1000万
贷：长期股权投资——某子公司 1000万
同样，非流通股股东如果持股比例超过50%，按成本法核算，则无需进行进一步会计处理。如果是按权益法核算长期股权投资的，假设持股比例为30%，则应做如下会计处理：
借：长期股权投资——其他权益变动 600万（2000×30%）
贷：资本公积——其他资本公积 600万
上市公司会计处理：
对于上市公司取得的非流通股股东注入的资产，应按公允价值入账：
借：长期股权投资 2000万
贷：资本公积——其他资本公积 2000万
流通股股东的会计处理方法同方案1，这里就不再详细解说了。
税务处理：
非流通股股东：
对于非流通股股东用其持有的全资子公司100%的股权作为对价支付给上市公司，根据《企业所得税法实施条例》第二十五条的规定，应做视同销售处理。因此，该非流通股股东在股权办理过户时，应按1000万（2000-1000）缴纳企业所得税。此时，会计上确认的股权分置流通权的成本为1000万，而税收上股权分置流通权的计税成本为2000万。
上市公司：
上市公司取得的注入资产，根据国家税务总局关于股权分置改革中上市公司取得资产及债务豁免对价收入征免所得税问题的批复》（国税函[2009]375）的规定，增加资本公积，不征收企业所得税。
流通股股东的税务处理同方案1，这里也不再叙述了。