新《企业所得税法》第三十条第一款规定，开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用可以在计算应纳税所得额时加计扣除。这样，研究开发费加计扣除政策上升为《企业所得税法》中的法律条款，体现了国家对该项政策的高度重视。
新《企业所得税法实施条例》第九十五条规定，企业所得税法第三十条第（一）项所称研究开发费用的加计扣除，是指企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的。在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50％力H计扣除。形成无形资产的。按照无形资产成本的150％摊销。
2008年12月，国家税务总局发布《关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知》（国税发[2008]116号），该通知是税务机关、企业全面贯彻落实研究开发费用税前扣除政策严谨、具体、统一的政策依据和操作程序。
目前，关于研究开发费加计扣除至少有以上3个文件可以遵照执行，但由于一些研发企业对以上文件理解得不准确，不能按照要求向税务机关提供相关备案资料，因而不能享受加计扣除的优惠政策。所以研发企业认真领会法律法规的含义，并用于指导和规范经营活动及会计核算，对于企业有着重要意义。
研发活动的界定
国税发[2008]116号文件之前的相关文件并没有对企业研究开发活动作出明确规定，企业开发新技术、新产品、新工艺发生的活动都可以视为符合规定的研发活动。国税发[2008]116号文件第三条明确了适用加计扣除的研究开发活动是指“企业为获得科学与技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品（服务）而持续进行的具有明确目标的研究开发活动”。同时，该文件第四条规定。上述研究开发活动仅限于《国家重点支持的高新技术领域》和《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》所规定的项目。这样的规定为研发费用加计扣除的适用设定了较高的门槛。
适用对象
随着新《企业所得税法》及实施条例的颁布和“居民企业”概念的引入，一国税发[2008]116号文件将研发费用加计扣除的适用范围相应调整为“财务核算健全并能准确归集研究开发费用的居民企业”。由此可见，以下企业不能享受：
（一）非居民企业，非居民企业计算税收的依据是收入全额，除了固定资产转让可扣除净值外，没有可扣除项目。
（二）核定征收企业，因为核定征收所得税企业不能满足财务核算健全并能准确归集研究开发费用的条件。
（三）财务核算健全但不能准确归集研究开发费用的企业。
研发开支范围
对于允许在计算应纳税所得额时实行加计扣除的费用支出，国税发[2008]116号文件第四条采用了列举法，共列举了8项费用。与国税发[2008] 116号文件出台之前的文件比较，研发费用范围总体是相类似的，细节上有差异。
值得注意的是，国税发[2008]116号文件没有“与研发活动直接相关的其他费用”的类似规定，而将研发费用的范围严格地限定在列举的8类费用中，具体而又明确，既有利于研发企业按照规定归集和申报材料，又有利于税务机关的监管。
高新技术企业认定管理中规定的企业研究开发费用的范围，要比国税发[2008]116号文件规定的研究开发费用范围宽泛。在这种情况下，研发企业在进行高新技术企业认定时，应按照《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火[2008]362号）的规定提供有关资料，但在申请研发费用加计扣除时，应严格按照国税发[2008]116号文件的规定提供备案资料。
研发费用的归集与核算
目前，一些研发企业没有按照文件规定设置研发费用明细账，对相关费用列支不标准，不规范，导致主管税务机关无法合理确定各类成本、费用支出，因而企业不能享受研发费用扣除的优惠政策。为此，企业应该从以下几个方面入手，准确归集和核算研发费用。
一是企业应当建立健全财务制度和研发费用管理制度，企业应按照财政部制定的会计准则和会计制度，在相关科目下，设置明细科目，核算实际发生的研发费用，并按研发项目设立项目台账，按照国税发[2008] 116号文件附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。
二是企业在一个纳税年度内进行多个研发活动时，应按照不同开发项目分别设置明细科目和项目台账，归集可加计扣除的研发费用额。
三是企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开核算，准确合理地计算各项研发费用支出。
对企业共同合作开发、委托给外单位、集团公司进行集中开发的研究开发项目，国税发[2008]116号文件也有明确的规定。
对企业共同合作开发的项目，依据国税发[2008]116号文件第五条由合作各方就自身承担的研发费用分别按照规定计算加计扣除额。
对企业委托给外单位进行开发的研发费用，依据国税发[2008]116号文件第六条由委托方按照规定计算加计扣除额，受托方不得再进行加计扣除。这就避免了研发费用加计扣除在委托方和受托方中的重复计算问题。
集团公司进行集中开发的研究开发项目，依据国税发[2008]116号文件第十五条规定，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间进行分摊。
及时备案所需资料
有的纳税人认为，只要是发生的符合条件的研发费用，税务机关都应当允许加计扣除，形式上的资料并不重要。这种观点将会给企业带来不必要的涉税风险，要想享受加计扣除优惠，就必须保留和整理相关资料，这些资料主要有项目立项报告、项目费用和人员预算、董事会决议、项目合同或协议、项目效用报告等及时提交税务机关。
政府对研发投入实行税收优惠政策，并且设定了一些条件和程序，体现了法律的严肃性、规范性和可执行性。企业要享受税收优惠政策，必须符合条件，并按一定的程序提交相应的证明材料，这有利于引导企业规范其研发活动。研发活动规范了，政府便可以获得企业研发投入的信息，企业也可以降低研发投入的风险，加强研发管理，提高研发效率。