补充养老、医疗保险的性质有着特别之处，其在财税处理方面也有特殊性。
补充养老保险、医疗保险是在基本养老保险、医疗保险基础上，政府以政策指导和政策优惠为导向，用工单位和员工共同出资，以资金积累和运作增值为主要特征，以提高出资单位员工的养老待遇为主要特点的社会保险的重要组成部分。基于补充养老保险的以上特点，因此其是否缴纳、缴纳比例都比较灵活，可由单位根据自身效益决定，根据不同的比例要求报有关部门备案或者批准即可。
制度衔接
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》中规定，企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。进而《关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
新政策与原规定《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）的不同主要有两点：一是支付的对象不同，老政策规定支付补充养老保险费和补充医疗保险费的对象是全体雇员，新政策规定的对象为投资者或者职工；二是规定支付标准的权限主体不同，老政策规定按国务院或省级人民政府规定的比例或标准，新政策规定为按国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准，将省级人民政府规定的权限废除，避免全国各地执行标准不一致，改按由国务院财政、税务主管部门统一规定的范围和标准执行。
财税[2009]27号的发布日期和执行起始日不同，要求从2008年1月1日起执行，而该文件的发文日期是6月2日，已过汇算清缴期，纳税人无法在汇算清缴时执行，只能在汇算清缴期过后再按规定重新计算2008年度税款。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金，因此，应该可以理解为不要加收滞纳金。如果纳税人因财税[2009]27号文件规定而涉及多缴税款的，纳税人可以按规定向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息；如果纳税人因财税[2009]27号文件规定而涉及补税的，税务机关可以要求纳税人补缴税款，但不得加收滞纳金。
计税基数
补充养老保险、医疗保险以职工工资总额为基数。工资、薪金总额，是指企业按照《国家税务总局关于企业工资、薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）第一条规定实际发放的工资、薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资、薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资、薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
第一条规定，所谓合理工资、薪金，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资、薪金制度规定，实际发放给员工的工资、薪金。因此，财税[2009]27号文件中的工资总额，应该等同于国税函[2009]3号文件中的工资、薪金总额，其计算口径应该和计算职工福利费支出、职工教育经费支出、工会经费支出所用的工资、薪金总额一样，都是按企业实际发放的工资、薪金总额。《国家税务总局关于〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表〉的补充通知》（国税函[2008]1081号）的“附表三《纳税调整项目明细表》填报说明”规定，“工资薪金支出”：第1列“账载金额”，纳税人按照国家统一会计制度计入成本费用的职工工资、奖金、津贴和补贴填报。第2列“税收金额”，纳税人按照税收规定允许税前扣除的工资、薪金填报。如第1列≥第2列，第1列减去第2列的差额填入第3列“调增金额”；如第1列＜第2列，第2列减去第1列的差额填入第4列“调增金额”。
计税扣除
企业只为少数职工支付补充养老保险费、补充医疗保险费，是否在计算应纳税所得额时准予扣除？
根据《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定：“自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。”根据上述规定，“本企业任职或者受雇的全体员工”支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过“职工工资总额”5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。如果不是全体员工都参加补充保险，那么就不能使用职工工资总额作为扣除基数。
【例】振兴股份公司2009年为职工实际支付的工资、薪金总额为500万元，均系合理的工资、薪金支出。该企业2009年按工资、薪金支出总额的7%为职工支付补充养老保险费、3%为补充医疗保险费。即支付补充养老保险费35万元，支付补充医疗保险费15万元。按财税[2009]27号文件规定，该公司在计算应纳税所得额时允许税前扣除的补充养老保险费和补充医疗保险费限额均为500×5%＝25（万元）。补充养老保险超标35－25＝10（万元），补充医疗保险不超标，可以扣除15万元，因此，该公司2009年应调增应纳税所得额10万元，注意两项分别在限额内扣除，不可合计使用。
个税征收
依据《中华人民共和国个人所得税法》及财税字[1997]144号文件规定：“企业和个人按照国家或地方政府规定的比例提取并向指定金融机构实际缴付的住房公积金、医疗保险金、基本养老保险金不计入个人当月的工资、薪金收入，免征个人所得税。超过国家或地方政府规定的比例缴付的住房公积金、医疗保险金、基本养老金，应将其超过部分计入个人当月的工资、薪金收入，计征个人所得税。”国税函[1999]615号批复中也明确：“对职工取得的补充养老保险金应全部计入发放当月个人的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。”即根据现行的《个人所得税法》规定，基本养老保险医疗保险可在税前扣除，但是单位为您缴纳的补充养老保险和补充医疗保险必须在税后扣除。
【例】北京市某企业职工刘某于2009年8月取得工资薪金5000元，另外该企业为刘某缴付超过规定比例的医疗保险金、基本养老保险金3000元，则刘某2009年8月份应当缴纳的个人所得税（工资、薪金）计算如下：（5000＋3000－2000）×20%－375＝825（元）