实物还建，是指房地产开发公司通过以房还房的方式进行的拆迁补偿。由于在实物还建方式下交易的双方不进行现金结算。房地产纳税人对实物还建的土地增值税处理容易产生误解，最终少缴或不缴税款而面临被处罚的风险，更有甚者多缴了土地增值税却浑然不知。
1.实物补偿未按规定扣除
土地增值税政策规定：对房地产纳税人发生的由土地征用及拆迁补偿费组成的土地开发成本，应当在计算土地增值税时扣除。但实践中，有的房地产纳税人因未发生现金交割而误解为这部分成本不能扣除。由于未将实物补偿作为开发成本扣除，相应也未将该成本作为房地产开发费用定率扣除以及加计扣除的基数，从而少扣了应扣除的房地产开发成本费用。如某市一房地产开发公司与被拆迁户约定：还建比例为1：1，还建的住房面积为1200平方米，其中铺面房400平方米，还建的房产相当于600万元货币补偿。 该公司在增值税清算时并未将实物补偿部分从增值额中扣除。少扣了房地产开发费用60（即600x10％）万元以及20％的加计扣除120万元。仅此一项， 该公司就多计算土地增值额780（即600+60+120）万元，即便按土地增值税最 低适用税率30％计算，该公司也相应就多缴土地增值税234（即780x30％）万元。
2.实物补偿未按项目正确分摊
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定： “属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。”土地增值税是以开发项目为清算单位的，不同清算单位发生的成本费用不得相互抵减，因此。对于属于多个清算单位发生的共同成本费用，要在各清算单位之间按一定标准进行合理分配或分摊。分摊方法通常有如下三种：①按转让土地使用权面积占可转让土地总面积的比例计算分摊；②按照转让的建筑面积占总建筑面积的比例来计算分摊；③按税务机关确认的其他方式计算分摊。
另外，土地增值税政策规定，符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：①已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85％以上，或该比例虽未超过85％。但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；②取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；③纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；④省税务机关规定的其他情况。因此，拆迁补偿成本还应当在已销售的商品房与未销售的商品房之间进行分摊或分配。在清算时，本次允许扣除项目金额可以采用已售面积百分比法或单位成本法计算。可售面积百分比法：本次允许扣除项目金额=允许扣除项目总金额×（已售建筑面积÷可售总建筑面积）；单位成本法：本次允许扣除项目金额=已售建筑面积×（允许扣除项目总金额÷可售总建筑面积）。
实践中，不合理分摊实物还建成本的现象比较普遍。如某市A房地产开发公司于2006年一次性征地10万平方米，计划在该宗土地上分五期开发商品房20栋。所开发商品房总建筑面积为500万平方米。其中一期开发工程占地面积为1万平方米。开发的商品房总建筑面积为20万平方米，已销售19万平方米，其中30套商品房用于补偿被拆迁户，市场价值600万元。该公司在土地增值税清算时，将以实物方式支付的拆迁补偿费全部在第一期开发项目中扣除，这显然是不符合土地增值税规定的。
正确的做法应当是：首先，确定应分摊的清算单位，因该宗土地分五期开发，所以，应当是五个清算单位。其次，确定总建筑面积。五期开发项目的总建筑面积为500万平方米。最后，确定一期开发项目应分摊的实物还建成本为：600÷5000000x200000=24（万元）。由此可见，该房地产开发公司多扣除了576（即600—24）万元。
3.实物补偿的价值确认不正确
有的税务机关认为，房地产开发公司付出的代价是建筑成本，所以，实物还建的补偿价值应以房地产开发公司所置换的商品房的建筑造价来确认。笔者认为，房地产开发公司以房产换取被拆迁方的房产或土地，所换取的房产与被拆迁方的产或土地属于对价关系，因此所换取的新房的市场价值才是房地产开发商为获取被拆迁房的房产或土地而付出的代价。新房的市场价值显然不是房屋的建筑造价。但实物还建房产的公允价值有时难以取得，笔者认为可参照以下办法确定：一是房地产开发公司与被拆迁户在拆迁协议中明确约定了补偿标准的。按约定的补偿标准确定：二是参照以货币形式补偿标准执行；三是按实物还建房的销售价格作为扣除的依据。
4.实物补偿的房产未“视同销售”
由于没有取得现金收入，所以一部分房地产纳税人在土地增值税清算申报时。没有把实物还建的房产确认为土地增值税的应税收入：有的房地产开发企业对还建房不计应税营业额。直接抵减拆迁补偿费。而土地增值税政策明确规定： “纳税人将开发的房地产用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等。发生所有权转移时应视同销售房地产。”因此，实物还建的房产应“视同销售”，应确认为销售不动产收入。
在对实物还建房产收入的确定上， 《国家税务总局关于印发（土地增值税清算鉴证业务准则）的通知》（国税发[2007]132号）第二十三条规定： “纳税人将开发的房地产用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其视同销售收入按下列方法和顺序审核确认：（一）按本企业当月销售的同类房地产的平均价格核定。（二）按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确认。（三）参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确认。”