日前，国家税务总局发布了《关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）（下称《通知》），将增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、机动车销售统一发票（下称“三票”）和海关进口增值税专用缴款书（下称“一书”）等扣税凭证的抵扣期限延长到开具之日起180日内，并就与此相关的一些问题进行了明确。
原有规定存在的主要问题
虽然目前现行的“90日内先认证、再抵扣”、“当月认证、当月抵扣”的增值税发票抵扣方法对于提高增值税征管信息系统的运行质量、督促纳税人及时申报起到了积极作用，但是在执行过程中也出现了一些问题，主要是：
第一，由于种种原因，一部分纳税人取得抵扣凭证后往往不能够按照规定期限到税务局进行认证和申报，也就无法抵扣相应的进项税款，这无疑增加了这些纳税人的税收负担。实际工作中，有些购货方未及时将货款支付给销货方，而销货方为防止收不到货款，就暂将已开出的发票扣留，待购货方付款收票的时候，可能已经超过90日的认证时限了。另外，购货方的采购人员或者财务人员由于疏忽，未能将收到的发票及时拿到税务机关认证，也往往会超过“发票开具之日起90日内”的认证时限。
第二，逾期无法认证的发票造成金税系统中的滞留票数量增加，加重了基层税务机关的工作压力。根据规定，抵扣凭证电子数据需要进行交叉稽核比对，即要把抵扣凭证的开具信息和认证（申报）抵扣信息在系统中联系起来，形成链条，互相稽核，以起到“以票控税”的目的，有效避免开票方开出发票而未申报纳税或者抵扣方以虚假抵扣凭证抵扣进项税额等情况的发生。其中，滞留票是稽核的重点之一。而纳税人在发票开具之日起90天内如不及时认证抵扣，就会形成滞留票。这些滞留票虽属正常原因形成的滞留票，但基层税务机关也同样要进行检查核实，势必增加基层税务人员的工作压力。
第三，有关增值税扣税凭证的规定比较散乱，不利于纳税人了解和掌握。以往有关三票一书抵扣期限及相关问题的规定，散见于不同的文件规定中，这就给纳税人全面了解和掌握带来了一定的困难。
不难看出，《通知》的出台将使上述3个问题迎刃而解，既有利于保障纳税人的合法权益，也有利于税务机关加强税收征管。
政策要点需要准确把握
根据《通知》，以下政策要点需要纳税人准确把握：
一是延长了三票一书的抵扣期限。
《通知》规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的三票，应在开具之日起180日内办理认证，并在认证通过的次月申报抵扣；实行先比对后抵扣管理办法的一般纳税人，应在一书开具之日起180日内报送《海关完税凭证抵扣清单》申请稽核比对；未实行此管理办法的，应在开具之日起180日后的第一个纳税申报期结束以前，申报抵扣。
二是强调了对三票一书抵扣超时的税务处理。
《通知》规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具三票一书，未在规定期限内按照上述规定办理的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。在已明确增值税抵扣凭证的抵扣期限已延长至180日的前提下，《通知》进一步强调，如果纳税人未按照规定要求的期限办理增值税抵扣凭证的认证申报等抵扣事宜，则相应的进项税款不能抵扣，而应计入企业的成本费用，所造成增值税税收负担的增加将由企业自行负担。
三是再次明确了对部分抵扣凭证丢失的处理方法。
《通知》规定，增值税一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票，应在开具之日起180日期限内，按照《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）第二十八条及相关规定办理；丢失一书的，应在开具之日起180日期限内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，经主管税务机关将一书电子数据审核并纳入稽核系统进行比对无误后，方可允许抵扣。
三大事项需要密切注意
综合《通知》及其他相关文件的规定，以下三大事项需要纳税人密切注意。
第一，牢记180日的抵扣期限，在规定期限内完成认证和申报。企业的财务及相关人员应牢记“180日”这一抵扣期限，对于纳税人取得的2010年1月1日以后开具的三票一书，应在180日期限内，按照要求完成认证、申报等抵扣工作，避免由于自身原因无法在规定期限内完成认证和申报抵扣，给企业造成不必要的损失。
第二，纳税人取得的2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，还是按照原来的规定在90日期限内进行认证并抵扣。
第三，个别抵扣凭证丢失的纳税人，应在180日内按照规定申请办理相关手续。纳税人如果发生丢失三票一书的情况，可在180日内按照有关规定向税务机关申请办理相关手续，得到批准后，则相应的税款仍被允许抵扣，企业的财务人员应按照这一时间要求及时向税务机关申请办理。