企业年金基金准则规定，企业年金基金在投资运营中，根据国家规定的投资范围取得的国债、信用等级在投资级以上的金融债等具有良好流动性的金融产品，其初始取得和后续估值应当以公允价值计量。企业年金基金投资公允价值的确定，适用《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》。
企业年金基金投资运营的会计核算一般需要设置“交易性金融资产”、“公允价值变动收益”、“证券清算款”、“结算备付金”、“交易保证金”、“投资收益”、“交易费用”、“应收利息”、“应收股利”、“应收红利”、“本期收益”等科目。
(一)初始取得投资时的账务处理
企业年金基金初始取得投资的交易日，以支付的价款(不含支付的价款中所包含的、已到付息期但尚未领取的利息或已宣告但尚未发放的现金股利、基金红利)计入投资的成本，借记“交易性金融资产——成本”，按发生的交易费用及相关税费直接计入当期损益，借记“交易费用”科目，按支付的价款中所包含的、已到付息期但尚未领取的利息或已宣告但尚未发放的现金股利、红利，借记“应收利息”、“应收股利”或“应收红利”科目，贷记“证券清算款”、“银行存款”等科目。
资金交收日，按实际清算的金额，借记“证券清算款”科目，货记“结算备付金”、“银行存款”等科目。
【例1】20×7年9月1日，某企业年金基金通过证券交易所购入分期付息，一次还本国债500手，每手债券面值为1000元，成交金额600000元(含已到付息期但尚未领取的利息40000元)，另发生手续费、佣金等相关税费2000元。票面年利率3.56％。
该企业年金基金账务处理如下：
(1)交易日(T日，即9月1日)与证券登记结算机构清算应付证券款时
借：交易性金融资产——成本(债券) 560000
应收利息 40000
交易费用 2000
贷：证券清算款 602000
(2)资金交收日(T＋1，即9月2日)与证券登记结算机构交收资金时
借：证券清算款 602000
贷：结算备付金 602000
【例2】20×7年4月1日，某企业年金基金通过证券交易所以10.3元的价格购公司10万股(其中每股含已经宣告但尚未发放的现金股利0.3元)，成交金额103万元，另发生券商佣金、印花税等2万元。
该企业年金基金账务处理如下：
(1)交易日(T日，即4月1日)与证券登记结算机构清算应付证券款时：
借：交易性金融资产——成本(A股票) 1000000
应收股利——A股票 30000
交易费用 20000
货：证券清算款 1050000
(2)资金交收(T＋1日，即4月2日)与证券登记结算机构交收资金时：
借：证券清算款 1050000
贷：结算备付金 1050000
(二)投资持有期间及估值日的账务处理
1．投资持有期间的账务处理
企业年金基金投资持有期间，被投资单位宣告发放的现金股利，或资产负债表日按债券票面利率计算的利息收入，应确认为投资收益，借记“应收股利”、“应收利息”或“应收红利”科目，贷记“投资收益”科目。期末，将“投资收益”科目余额转入“本期收益”科目。
【例3】沿用【例1】，该企业年金基金持有国债期间，按债券票面价值和票面利率计提债券利息。假设一年按365计算，每日计提利息，票面年利率3.56％。
该企业年金基金账务处理如下：
每日应计利息＝500000×3.56％÷365＝48.77(元)
每日计提利息时
借：应收利息 48.77
贷：投资收益 48.77
债券除息日(T日)，借记“证券清算款”、贷记“应收利息”。资金交收日(T＋1日)，借记“结算备付金”、贷记“证券清算款”。
【例4】沿用【例2】，20×7年4月5日，企业年金基金收到购买A股票时已宣告的现金股利，该上市公司发放A股票的现金股利每股0.3元，合计3万元。
该企业年金基金账务处理如下：
借：结算备付金 30000
贷：应收股利 30000
2．估值日的账务处理
根据企业年金基金准则的规定，企业年金基金的投资应当按日估值，或至少按周进行估值。也就是说，每个工作日结束时，或者每周四或周五工作日结束时为估值日。
估值日对投资进行估值时，应当以估值日的公允价值计量。公允价值与上一估值日公允价值的差额，计入当期损益，并以此调整原账面价值。借记或贷记“交易性金融资产(公允价值变动)”，贷记或借记“公允价值变动损益”。
【例5】沿用【例4】，20×7年4月12日，企业年金基金持有的A股票证券交易所收盘价为每股11元。在估值日和资产负债表日，企业年金基金持有的上市流通的债券、基金、股票等交易性金融资产，以其估值日在证券交易所挂牌的市价(平均价或收盘价)估值；估值日无交易的以最近交易日的市价估值。
估值日公允价值与上一估值日公允价值的差额＝(1l—l0)×l0万股＝l00000(元)
该企业年金基金账务处理如下：
借：交易性金融资产——公允价值变动(A股票) 100000
贷：公允价值变动损益 100000
(三)投资处置的账务处理
处置企业年金基金的投资时，应在交易日按照卖出投资所取得的价款与其账面价值(买入价)的差额，确定为投资损益。
出售股票时，按应收金额，借记“证券清算款”科目，按买入时原账面价值(初始买价)，贷记“交易性金融资产——成本”科目，按出售股票成交价总额与原账面价值(初始买价)的差额，作为投资处置收益金额，贷记或借记“投资收益”科目。同时，将原计入该投资的公允价值变动转出，借记或贷记“公允价值变动损益”科目，贷记或借记“投资收益”科目。
因债券、基金、股票的交易比较频繁，出售债券、基金、股票等证券时，其投资成本应一并结转。出售证券成本的计算方法可采用加权平均法、移动加权平均法、先进先出法等，成本计算方法一经确定，不得随意变更。
【例6】沿用【例5】，20×7年5月30，该企业年金基金出售A股5万股，每股市价13元，成交总额为65万元，另发生券商佣金、印花税等1800元。
本例中，成交总额扣减佣金、印花税等为应收证券清算款，共计金额648200元(650000-1800)。
该企业年金基金账务处理如下：
(1)交易日(T日，即5月30日)与证券登记结算机构清算应收证券款时：
借：证券清算款 648200
交易费用 1800
贷：交易性金融资产——成本(A股票) 500000
——公允价值变动(A股票) 50000
投资收益 100000
借：公允价值变动损益 50000
贷：投资收益 50000
(2)资金交收日(T＋1日，即5月31日)与证券登记结算机构交收资金时
借：结算备付金 648200
贷：证券清算款 648200