目前，国有企业对于财政补贴资金的核算大致可分为两大类：一类是企业还执行财政部2001年颁发的“企业会计制度”；另一类企业已执行财政部2006年颁发的“企业会计准则”（以下简称“新准则”）。按照财政部的要求，第一类企业在未来的一至两年时间内都要执行新准则，因而在此不作讨论。本文仅以新准则对政府补助核算的要求及企业在执行新准则中所遇到的问题作如下的初步探讨。
政府补助准则规定，政府补助是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产，但不包括政府作为企业所有者投入的资本。从政府补助定义出发，我们首先要判断这项政府拨款是属于政府补助，还是政府的资本性投入。
属于政府资本性投入的，仍通过“专项应付款”科目核算，形成长期资产的部分转入资本公积，未形成长期资产的部分予以核销。
属于政府补助的，应当区分与收益相关的政府补助和与资产相关的政府补助。收到与当期损益相关的政府补助，直接计入“营业外收入”科目；与资产相关或以后期间损益相关的先计入“递延收益”科目，然后分期计入“营业外收入”科目。显然政府补助准则要求采用的是收益法中的总额法，以便真实、完整地反映政府补助的相关信息。
政府补贴会计核算的疑难点
国有企业执行新准则已近两年，由于目前政府拨款的种类较多，企业在判断该拨款的性质和对该拨款的会计核算的实际工作中遇到的问题大致有以下几种：
第一，是界定财政拨款是政府资本性投入还是政府补助的问题。政府的拨款有的很清楚是作为资本性投入，如：国家对于开发区新增加财政收入的税收返还是专门用于开发区的基础设施和非经营性服务设施建设的投资。但往往政府的拨款是二者兼有的。如政府在城市基础设施的建设中让国有企业既作为政府的融资平台，又在该设施建成后负责提供后续的经营服务，而这些设施如隧道、大桥等并不收费。
因此在政府的拨款中既包括该设施的造价，又包括融资的利息及经营中的经营费用。在这种情况下，当企业收到政府拨款时就需区分资本性投入和政府补助，来分别作出不同的会计处理。
第二，是区分与收益相关的政府补助和与资产相关的政府补助的问题。企业参与国家研究开发项目及自主创新的技术改造项目，从政府处取得的研发补贴和贴息属于综合性项目的政府补助。该补助中可能包括项目所需的新增固定资产、人员经费、设备的租赁费、项目贷款的利息等。
按新准则要求，企业对于综合性项目的补助，要求将其分解为与资产相关的部分和与收益相关的部分，分别进行会计处理；难以区分的，将政府补助整体归类为与收益相关的政府补助，视情况不同计入当期损益，或者在项目期内分期确认为当期收益。
第三，是与收益相关的政府补助是采用应计制还是收付实现制的问题。企业取得政府补助往往是滞后的，因为总需要一定的报批手续：企业提出申请，主管部门批准，然后拨款，也有可能分几次拨款，而项目早已开始。再有如税收的返还也总是在报告年度结束后的下一个会计年度。
因此，企业碰到了应在何时确认政府补助的问题。根据新准则规定，企业按照固定的定额标准取得的政府补助应当按照应计制确认计量，计入营业外收入，否则应当按照实际收到的金额计量。按此要求企业取得的除定额标准补助和属资产负债表日后调整事项的补助可以计入报告年度外都应按收付实现制确认计量。因此企业提出补助收入与支出配比的问题。笔者建议在报告年度如能得到省市一级主管部门批文，补助的金额确定，而且相关的资金很可能收到的情况下，是否可以用应计制。
第四，是企业经常性营运中的政府补助计入营业收入还是营业外收入的问题。从事公用事业的企业会收到政府经常性的补贴。如政府为了提高老年人的福利、以及降低市民出行成本，而实行的老年人免费乘车、市民换乘公交优惠等给予公交企业的各种补贴。
企业认为该项补贴是企业经营过程中的收入，应在收到款项时计入营业收入或冲营业成本，如果按准则要求计入营业外收入，就会影响企业的业绩及一系列的考核指标。要解决这个问题，在目前情况下建议主管部门在计算业绩指标时让企业作些适当的调整。
第五，是非盈利性的公益项目能否单独进行核算的问题。国有企业在经营中往往会承担许多公益性项目、城市基础设施的运营与维护和一些非经营性的服务，均是以非盈利为目的的。如市内多架跨江大桥、多条越江隧道，车辆通过时均不收费，而企业为保证其正常运营，要发生许多管理和维护费用，这些项目都是非盈利的，只发生费用，收入仅靠政府补贴。
如果将这些项目的核算和企业其他项目合在一起，势必会拖累整个企业的业绩。最近，市政府对还贷高速公路实行公司制管理，道路车辆通行费收入直接纳入财政专户，所需管理资金由市级财政预算拨付。这样管理模式下的会计核算虽然是公司制但也有别于企业的核算。目前，非盈利组织的核算尚未颁布之前，建议是否可以对其单独进行核算、考核。
另外，上述提及的大桥、隧道、高速公路等城市基础设施在会计核算中是否需提折旧也颇有争议。这些资产的特点是价值高、维护费用高、而且是永久性的（除非发生战争等不可抗力事件）。固定资产折旧是指固定资产在使用寿命内，按照确定方法对应计折旧额进行系统分摊。既然该项固定资产使用寿命是永久的，那么折旧计算公式中的分母无限大，折旧也可忽略不计。因此如何正确反映该等资产的价值也是需要我们进一步探讨的。
第六，是关于政府补助的税负问题。政府补助准则要求采用的是收益法中的总额法。虽然是收益，但是否计入应纳税所得额以及怎样计入也有争议。企业认为政府补贴属于国民收入的再次分配，不应计入应税所得额，考虑我国目前财政状况，即使计入应税所得额的递延收益也有何时计入的问题：是收到政府补助时计入还是今后递延收益确认当期收益时计入。在实际操作中，各地也有很大差异值得相关部门进一步讨论与协调的。
虽然政府补助在企业收入总量中所占的比重甚小，而且在我国加入世贸组织后，政府补贴会逐渐减少，补贴的范围也会日益狭窄。但现阶段，政府补贴所涉及的有关资产总量很大，如何规范和统一政府补贴的会计核算，直接影响到企业之间会计信息及评价指标的可比性。因此，笔者就政府补贴的会计核算中遇到的问题，作非常粗浅的罗列以求同行的真知灼见。