非居民企业转让其在境内的股权分两种情况：一种是转让给境内的居民企业，一种是转让给境外的另一非居民企业（即股权完全在境外转让）。在这两种业务中，作为境内被转让企业应负有何种纳税义务？
两种业务中，取得股权转让所得的同为非居民企业，对于纳税主体而言都为同一个，在营业税与企业所得税的处理方面政策依据是相同的。
营业税
根据财政部、国家税务总局《关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）第二条规定，“对股权转让不征收营业税”。
企业所得税
1.应在境内缴纳企业所得税根据《企业所得税法》第三条第三款、《企业所得税法实施条例》第七条相关规定，境外非居民企业将其所持有股权进行转让，境外非居民企业未在境内设立机构、场所，则其股权转让收益应按被投资企业所在地确定，即非居民企业取得的转让境内股权收益应判定为属于其来源于境内所得，应就其所得在境内缴纳企业所得税。
2.计税依据根据《企业所得税法》第十九条、《企业所得税法实施条例》第七十四条规定，非居民企业取得转让财产所得，以收入全额减除财产净值后的余额为应纳税所得额。所称财产净值，是指有关资产、财产的计税基础减除已经按照规定扣除的折旧、折耗、摊销、准备金等后的余额。
按照上述规定，对于股权转让所得缴纳企业所得税的计税依据应仅限于扣除财产净值，而对于转让收入中实际包括以前年度的未分配利润或者留存收益部分应不再允许扣除。对于股权转让涉及企业重组的税务处理应具体适用财税〔2009〕59号文件。
3.适用税率《企业所得税法》第四条第二款、第二十七条及《企业所得税法实施条例》第九十一条相关规定，对于非居民企业股权转让所得应按10%缴纳企业所得税。
境内企业所负义务不同
境外非居民企业将其所持有境内股权无论是转让给境内企业或是境外另一非居民企业，两种情况下同属于来源于境内的所得，都需要在境内缴纳企业所得税，其企业所得税的计税依据与所适用税率也完全相同。
需要注意的是，在这两种不同的情况下，境内企业所负有的义务是有着显著区别的。
（一）非居民企业将所持境内股权转让给境内居民企业国家税务总局关于印发《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》的通知（国税发[2009]3号）第三条规定，如果非居民企业将其所持有的境内股权转让给境内的居民企业，则居民企业作为对非居民企业直接支付相关款项的单位，即法定的企业所得税扣缴义务人，应履行企业所得税扣缴义务。同时，境内购买此项股权的居民企业还应按照国税发[2009]3号文件第四条、第五条第一款、第十八条规定到税务机关进行相关报备。
需要注意的是，根据该办法规定，居民企业应尽量以履行扣缴义务在先，以免承担法律责任，带来不必要的损失。如果扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应于扣缴义务人支付或者到期应支付之日起7日内，到所得发生地主管税务机关申报缴纳企业所得税。
（二）股权转让交易双方均为非居民企业且在境外交易国税发[2009]3号文件规定，股权转让交易双方均为非居民企业且在境外交易的，应由取得所得的非居民企业自行或委托代理人向被转让股权的境内企业所在地主管税务机关申报纳税，被转让股权的境内企业在这种情况下不负有代扣代缴企业所得税义务。但应该负有在依法变更税务登记时需将股权转让合同复印件报送主管税务机关的义务。同时，被转让股权的境内企业应协助税务机关向非居民企业征收税款。