国家税务总局《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）文件规定：企业整体资产转让是指，一家企业（以下简称转让企业）不需要解散而将其经营活动的全部（包括所有资产和负债）或其独立核算的分支机构转让给另一家企业（以下简称接受企业），以换取代表接受企业资本的股权（股份或股票等），包括股份公司的法人股东以其经营活动的全部或其独立核算的分支机构向股份公司配购股票。
一、整体资产转让会计处理原则
（一）转让整体资产企业的会计处理
按照新的《企业会计准则》，企业整体资产转让视为通过非货币性资产交换取得长期股权投资，其初始投资成本的确定以《企业会计准则第2号——长期股权投资》和《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》两个具体准则来规范。根据长期股权投资准则的规定，非企业合并情况下通过非货币性资产交换取得的长期股权投资，其初始投资成本应当按非货币性资产交换准则确定。非货币性资产交换准则规定，换出资产可采用公允价值和账面价值。非货币性资产交换同时满足下列条件的，应当以公允价值和应支付的相关税费，作为换人资产的成本，公允价值与换出资产账面价值的差额计人当期损益：该项交换具有商业实质；换人资产或换出资产的公允价值能够可靠地计量。换入资产和换出资产公允价值均能够可靠计量的，应当以换出资产的公允价值作为确定换入资产成本的基础，但有确凿证据表明换入资产的公允价值更加可靠的除外。未同时满足上述两个条件的非货币性资产交换，应当以换出资产的账面价值和应支付的相关税费，作为换人资产的成本，不确认损益。换出资产为存货的，应当视同销售处理，根据《企业会计准则第14号——收入》按其公允价值确认商品销售收入，同时结转商品销售成本。这种情况是一种较为特殊的购销活动，应视同销售货物缴纳增值税。接受单位可凭以物投资的书面合同以及与之相符的增值税专用发票和货物运输普通发票抵扣进项税额，报经税务机关批准后予以抵扣。在存货未计提减值准备的情况下，新准则下存货投资的会计处理消除了财税差异。换出资产为固定资产、无形资产的，按照相关法规计算缴纳流转税，换出资产公允价值和换出资产账面价值的差额，计入营业外收入或营业外支出。根据长期股权投资准则规定，投资企业对被投资单位具有共同控制或重大影响的长期股权投资应当采用权益法核算。
（二）接受整体资产企业的会计处理
在新准则下，对于投资者投入的资产，应按公允价值入账。投资企业资产公允价值和资产账面价值形成的差额，应按照企业会计准则规定，对于非日常活动产生的利得和损失，投资企业应计入“营业外收入”或“营业外支出”科目。对于投资者投入的资产，以投资各方确认的价值（公允价值）作为入账价值。另外，新介入的投资者的出资额大于其按约定比例计算的其在注册资本中所占份额部分（或股票发行溢价部分）是企业的股东权益，不征所得税，作资本公积处理。
二、整体资产转让的税务处理原则
（一）根据《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》
处理《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》规定：企业整体资产转让原则上应在交易发生时，将其分解为按公允价值销售全部资产和进行投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。如果企业整体资产转让交易的接受企业支付的交换额中，除接受企业股权以外的现金、有价证券、其他资产（以下简称“非股权支付额”）不高于所支付的股权的票面价值（或股本的账面价值）20%的，经税务机关审核确认，转让企业可暂不计算确认资产转让所得或损失。转让企业和接受企业不在同一省（自治区、直辖市）的，须报国家税务总局审核确认。转让企业取得接受企业的股权的成本，应以其原持有的资产的账面净值为基础确定，不得以经评估确认的价值为基础确定。接受企业接受转让企业的资产的成本，须以其在转让企业的原账面净值为基础结转确定，不得按经评估确认的价值调整。
（二）区分整体资产转让和整体产权交易
《国家税务总局关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》（国税函[2002]420号）规定，根据《增值税暂行条例》及其实施细则，增值税的征收范围为销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物。转让企业全部产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为。因此，转让企业全部产权涉及的应税货物的转让，不属于增值税的征税范围，不征收增值税。《国家税务总局关于转让企业产权不征营业税问题的批复》（国税函[2002]165号）规定，根据《营业税暂行条例》及其实施细则，营业税的征收范围为有偿提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的行为。转让企业产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为，其转让价格不仅仅是由资产价值决定的，与企业销售不动产、转让无形资产的行为完全不同。因此，转让企业产权的行为不属于营业税征收范围，不应征收营业税。企业整体资产转让的主体是企业，交易的对象是企业的资产，企业整体资产转让涉及货物所有权转移的，仍属于资产转让行为，不论其股权支付额比例如何，均应照章征收增值税。转让土地使用权和销售不动产的行为应照章征收营业税。而企业产权转让的主体是企业的产权人，交易的对象是企业的产权，性质上属于股权转让，不征流转税。
【例】A公司2008年4月向B公司进行整体资产转让非独立核算的分公司C企业，二者均系增值税一般纳税人，税率为17%.转让时，C企业的资产负债表有关数据如表1：
经评估，C企业的净资产为800万元（即对c企业所有资产和负债进行重新评估后的净增值额为500万元），按照双方约定，B公司向A公司支付现金（非股权支付额）500万元，投资后A公司享有B公司30%的股权。A公司对B公司具有共同控制和重大影响。投资时B公司可辨认净资产的公允价值为1000万元（假设所有者权益全部为可辨认净资产），流转税只考虑增值税和营业税。
则A公司的会计和税务处理如下：
（1）税务处理。经分析A公司转让非独立核算的分公司c企业的行为属于整体资产转让，不属于整体产权交易，按规定应缴纳增值税和营业税。
房产应交的营业税=1370×5%=68.5（万元）
无形资产应交的营业税=300×5%=15（万元）
设备应交的增值税=80÷（1+4%）×4%=3.1（万元）
存货应交的增值税=750×17%=127.5（万元）
根据《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》规定，非股权支付额高于所支付的股权的票面价值20%的，转让企业要计算确认资产转让所得或损失。因此，企业在年终申报企业所得税时，对全部资产增值应调增应纳税所得额500万元，应纳所得税125万元（500×25%）。以后，对投资持有期间分回的利润按权益法进行会计处理，按“股权投资所得”进行所得税处理。
由于A公司已经确认了资产转让所得或损失，税法上取得的股权应按公允价值确定计税成本，会计上也是按照公允价值作为确定换人资产成本的基础，此时不会产生财税差异。
（2）会计处理时先按公允价值下的非货币性资产交换处理（单位：万元）。
借：长期股权投资（2500+83.5+3.1+127.5-2200）514.1
银行存款 500
累计折旧 220
负债科目 2200
贷：固定资产——房屋及建筑物 1400
固定资产——机器设备 70
无形资产 200
主营业务收入 750
应交税费——6交营业税 83.5
应交税费——应交增值税（销项税额） 127.5
应交税费——未交增值税 3.1
银行存款 500
营业外收入 300
增值税缴纳时：
借：应交税费——未交增值税 3.1
贷：银行存款 1.55
营业外收入 1.55
结转存货成本：
借：主营业务成本 550
贷：产成品 550
B公司的会计和税务处理如下：
由于A公司已对资产评估增值部分计算缴纳了企业所得税，因此，B公司接受投资的资产的会计成本等于计税成本，B公司司以对固定资产按照1450万元的入账价值提取折旧，并可在以后年度计算企业所得税前获得扣除，对存货和其他资产也可按入账价值进行账务处理，不作纳税调整。会计分录如下：
借：固定资产——房屋及建筑物 1370
固定资产——机器设备 80
无形资产 300
存货 750
银行存款 500
应交税费——应交增值税（进项税额） 127.5
贷：负债科目 2200
银行存款 500
资本公积——股本溢价 427.5