由于企业参与了不同形式的保理业务，因此它所进行的账务处理也不同。无论采用哪种方式进行保理业务的账务处理，企业都应当设置“库存现金”、“银行存款”、“应收账款”、“坏账准备”、“财务费用”、“管理费用”等账户。
（一）有追索权保理的账务处理
有追索权的保理相当于是将应收账款质押给了银行，从而获取融资。银行有追索权，因此企业并没有将相应的风险进行转移。
转让的时候
借：银行存款（按实际收到的款项）
财务费用（按办理保理业务时缴纳的手续费）
贷：短期借款
如果企业销售的这批货物发生了退回，则记
借：主营业务收入
财务费用
应交税费——应交增值税（销项税额）
贷：应收账款
到期时，如果购货商能完全支付掉货款，则
借：短期借款
贷：应收账款
若到期银行收不回货款，由于银行附有追索权，则企业就有义务偿还相应的费用。
借：短期借款
贷：银行存款
（二）无追索权保理的账务处理
无追索权相当于企业将应收账款进行了买断，企业应将所出售的应收债权予以转销，结转计提的相关坏账准备，确认预计可能发生的销售退回、销售折扣、现金折扣等，确认开展保理的损益。
转让时，
借：银行存款（实际收到的款项）
营业外支出
其他应收款（预计将发生的销售折扣和折让）
坏账准备（保理业务中应收债权已经提取的坏账准备）
财务费用（支付的保理手续费）
贷：应收账款
营业外收入
实际发生销售的退回和折让
借：主营业务收入
财务费用
应交税金——应交增值税（销项税额）
贷：其他应收款
（三）明保理和暗保理的会计处理与有追索权和无追索权保理的账务处理相同。
（四）融资保理是按照发票金额的80%获得银行的融资，余下的20%应收账款等到保理商向购货商全部收回应收账款以后，保理商再向供货商结清应收账款。它的会计处理是按照有追索权和无追索权的保理进行处理。
到期保理中供货商，企业只在到期后做相应的处理：
借：银行存款（实际收到的货币资金）
财务费用（实际收到的货币资金与应收账款价值的差额）、
坏账准备（已计提的坏账准备）
贷：应收账款（应收账款的账面价值）