财政部、国家税务总局发布的财税[2009]59号文《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》，首次明确了新税法实施后企业债务重组业务的所得税处理方法，并根据债务重组的不同情形，分别明确了一般性税务处理和特殊性税务处理的政策。
一、债务重组业务一般性税务处理文件规定：
1、以非货币资产清偿债务，应当分解为转让相关非货币性资产、按非货币性资产公允价值清偿债务两项业务，确认相关资产的所得或损失；
2、发生债权转股权的，应当分解为债务清偿和股权投资两项业务，确认有关债务清偿所得或损失；
3、债务人应当按照支付的债务清偿额低于债务计税基础的差额，确认债务重组所得，同时债权人应当按照收到的债务清偿额低于债权计税基础的差额，确认债务重组损失；
4、债务人的相关所得税纳税事项原则上保持不变。
【例1】甲公司欠乙公司货款100万元。由于甲公司财务发生困难，经双方协商，甲公司以其自产产品偿还债务。该产品账面价值与计税基础均为50万元，公允价值60万元。甲、乙公司均为增值税一般纳税人，适用增值税税率为17%，双方债权、债务的计税基础均为100万元。
会计处理
甲公司：
借：应付账款 100万元
贷：主营业务收入 60万元
应交税费—应交增值税（销项税额） 10.2万元
营业外收入（债务重组利得） 29.8万元
借：主营业务成本 50万元
贷：库存商品 50万元
乙公司：
借：库存商品 60万元
应交税费——应交增值税（进项税额）10.2万元
营业外支出（债务重组损失） 29.8万元
贷：应收账款 100万元
税务处理
甲公司：应确认转让非货币性资产所得60－50＝10万元；同时按照支付的债务清偿额与债务计税基础的差额，确认债务重组所得100－60－10.2＝29.8万元。
乙公司应当按照收到的债务清偿额低于债权计税基础的差额，确认债务重组损失100－60－10.2＝29.8万元。
从这里可以看出，债务重组业务的一般性税务处理，无论债务人或者债权人，均与会计处理基本一致。
二、债务重组业务特殊性税务处理文件规定，企业债务重组业务同时符合第五条规定条件的，即重组具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的等，交易各方对其交易中的股权支付部分，可以按以下规定进行特殊性税务处理：企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上，可以在5个纳税年度的期间内，均匀计入各年度的应纳税所得额。企业发生债权转股权业务，对债务清偿和股权投资两项业务暂不确认有关债务清偿所得或损失，股权投资的计税基础以原债权的计税基础确定。企业的其他相关所得税事项保持不变。
【例2】如上例，假设甲公司以其对控股公司股权偿还债务。该股权的账面价值与计税基础均为50万元，公允价值70万元。
会计处理
甲公司：
借：应付账款 100万元
贷：长期股权投资 50万元
投资收益 20万元
营业外收入（债务重组利得） 30万元
乙公司：
借：长期股权投资 70万元
营业外支出（债务重组损失） 30万元
贷：应收账款 100万元
税务处理
假设甲公司债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上，则其债务清偿所得30万元和股权投资所得20万元可暂不确认，而选择在以后5个纳税年度的期间内，均匀计入各年度的应纳税所得额。
而乙公司也应暂不确认债务清偿损失30万元，同时其长期股权投资的计税基础应以原债权计税基础100万元确认，与会计账面价值70万元的差额应确认可抵扣暂时性差异。假设乙公司的所得税率为25%，该差异转回的未来期间能产生足够的应纳税所得，则应确认递延所得税资产（100－70）×25%＝7.5万元。
三、债务重组特殊性税务处理应注意的问题：
1、债务重组所得递延纳税的新、旧规定变化。这里可分为三个阶段：
⑴在“两税”合一前，内资企业根据国家税务总局令第6号《企业债务重组业务所得税处理办法》，企业在债务重组业务中因以非现金资产抵债或因债权人的让步而确认的资产转让所得或债务重组所得，如果数额较大，一次性纳税确有困难的，经主管税务机关核准，可以在不超过5个纳税年度的期间内均匀计入各年度的应纳税所得额。国税发[2004]82号文《关于做好已取消和下放管理的企业所得税审批项目后续管理工作的通知》取消了该项政策审批；
⑵新税法实施后已作递延所得确认的余额处理。根据国税函[2009]98号文《关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》，企业按原税法规定已作递延所得确认的债务重组所得，其余额可在原规定的递延期间的剩余期间内继续均匀计入各纳税期间的应纳税所得额；
⑶新税法实施后新发生的债务重组所得，递延纳税除要符合财税[2009]59号文第五第的条件外，该重组所得还必须是股权支付部分获得的，且该重组所得还应占该企业当年应纳税所得额50%以上。当然，这里的股权支付，既包括债务人增发股份，也包括债务人控股公司的股权。同时还应注意，企业债务重组选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
2、债务重组业务选择特殊性处理时，债权人取得的股权投资计税基础应以原债权的计税基础确定。而“两法”合一前并无此项规定。根据国家税务总局令第6号，在以债务转换为资本方式进行的债务重组中，债权人应当将享有的股权的公允价值确认为该项投资的计税成本。
3、既然可以递延纳税的债务重组所得必须是股权支付部分，那么如果企业在清偿债务时，即有股权支付，又有非股权支付时，应该如何处理呢？
【例3】如上例，甲公司欠乙公司购货款100万元。由于甲公司财务发生困难，双方达成如下协议：甲公司以其对控股公司的部分股权及部分自产产品偿还债务。甲公司支付股权的账面价值与计税基础均为40万元，公允价值50万元；自产产品账面价值与计税基础均为15万元，公允价值20万元。
会计处理：
甲公司：
借：应付账款 100万元
贷：主营业务收入 20万元
应交税费——应交增值税（销项税额） 3.420万元
长期股权投资 40万元
投资收益 10万元
营业外收入（债务重组利得） 26.6万元
借：主营业务成本 15万元
贷：库存商品 15万元
乙公司：
借：长期股权投资 50万元
库存商品 20万元
应交税费——应交增值税（进项税额） 3.4万元
营业外支出（债务重组损失） 26.6万元
贷：应收账款 100万元
税务处理：
假设该项重组符合特殊性处理条件。
甲公司：股权投资业务的20万元收益在税法上暂不确认收益，债务重组确认的应纳税所得26.7，由于并非全部是股权支付，所以应只就股权支付部分均匀计入以后年度。债务重组所得中应计入当期所得：26.6×23.4÷（50 23.4）＝8.48，而可以递延纳税的股权支付部分所得：26.6×50÷（50 23.4）＝18.12。
乙公司：债务重组损失26.6万元在当期不能税前扣除，同时股权投资的计税基础以原债权的计税基础确定，即100－23.4＝76.6，而非会计上确认的50万元。股权投资的计税基础与会计账面价值的差异应作为可抵扣暂时性差异处理，假设乙公司的所得税率为25%，该差异转回的未来期间能产生足够的应纳税所得，则应确认递延所得税资产（76.6－50）×25%＝4.15万元。