补充养老保险、补充医疗保险是在基本养老保险、基本医疗保险的基础上，政府以政策指导和政策优惠为导向，用工单位和员工共同出资，以资金积累和运作增值为主要特征，以提高出资单位员工的养老待遇为主要特点的社会保险的重要组成部分。由于补充养老保险的特点，因此其缴纳方式比较灵活，可以由单位根据自身效益决定，根据不同的比例要求报有关部门备案或者批准即可。
一、补充养老保险费、补充医疗保险费的企业所得税处理
《企业所得税法实施条例》规定，企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。进而《财政部国家税务总局关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。与《国家税务总局关于执行需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）的不同点有：
一是支付的对象不同。老政策规定支付补充养老保险费和补充医疗保险费的对象是全体雇员，新政策规定的对象为投资者或者职工。
二是规定支付标准的权限主体不同。老政策规定按国务院或省级人民政府规定的范围或标准执行，新政策规定按国务院财政、税务主管部门规定的范围或标准执行，将省级人民政府规定的权限废除，避免全国各地执行标准不一致。
1．补充养老保险费、补充医疗保险费的计算基数。补充养老保险、补充医疗保险以职工工资总额为基数。按照《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）第二条规定，工资薪金总额是指企业按照本通知第一条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。该通知第一条规定，所谓合理工资薪金，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。因此，财税[2009]27号文件中的工资总额应该等同于国税函[2009]3号文件中的工资薪金总额，其计算口径应该和计算职工福利费支出、职工教育经费支出、工会经费支出所用的工资薪金总额一样，都是按企业实际发放的工资薪金总额。《国家税务总局关于（中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表>的补充通知》（国税函[2008]1081号）的，“附表三《纳税调整项目明细表》填报说明”规定，“工资薪金支出”：第1列“账载金额”填报纳税人按照国家统一会计制度规定计入成本费用的职工工资、奖金、津贴和补贴。第2列“税收金额”填报纳税人按照税收规定允许税前扣除的工资薪金。如本行第1列≥第2列，第1列减去第2列的差额填入第3列“调增金额”；如本行第1列<第2列，第2列减去第1列的差额填入第4列“调增金额”。
2．执行时间衔接涉税问题。财税[2009]27号文件的执行起始日为2008年1月1日，而该文件的发文日期是2009年6月2日，已过汇算清缴期，纳税人无法在汇算清缴时执行，只能在汇算清缴期过后再按规定重新计算2008年度税款，根据《税收征收管理法》第五十二条规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金，因此，如果纳税人因财税[2009]27号文件规定而涉及多缴税款的，纳税人可以按规定向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息；如果纳税人因财税[2009]27号文件规定而涉及补缴税款的，税务机关可以要求纳税人补缴税款，但不得加收滞纳金。
3．企业只为少数职工支付补充养老保险费、补充医疗保险费扣除问题。企业只为少数职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，能否在计算应纳税所得额对准予扣除？根据财税[2009]27号文件的规定：“自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。”根据上述规定，“本企业任职或者受雇的全体员工”支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。如果不是全体员工都参加补充养老保险、补充医疗保险，那么就不能使用职工工资总额作为扣除基数。
【例】振兴股份公司2009年为职工实际支付的工资薪金总额为500万元，均系合理的工资薪金支出。该企业2009年按工资薪金总额的7%为职工支付补充养老保险费、按工资薪金总额的3%为职工支付补充医疗保险费。即支付补充养老保险费35万元，支付补充医疗保险费15万元。按照财税[2009]27号文件的规定，该公司在计算应纳税所得额时允许税前扣除的补充养老保险费和补充医疗保险费限额均为25万元（500×5%）。补充养老保险超标10万元，补充医疗保险不超标，可以扣除15万元，因此，该公司2009年应调增应纳税所得额10万元。
二、补充医疗保险金、补充养老保险金的个人所得税处理
依据《个人所得税法》及《财政部 国家税务总局关于住房公积金、医疗保险金、养老保险金征收个人所得税问题的通知》（财税字[1997]144号）规定：“企业和个人按照国家或地方政府规定的比例提取并向指定金融机构实际缴付的住房公积金、医疗保险金、基本养老保险金不计人个人当月的工资、薪金收入，免征个人所得税。超过国家或地方政府规定的比例缴付的住房公积金、医疗保险金、基本养老保险金，应将其超过部分计入个人当月的工资、薪金收入，计征个人所得税。”《国家税务总局关于企业发放补充养老保险金征收个人所得税问题的批复》（国税函[1999]615号）中也明确规定：“对职工取得的补充养老保险金应全部计入发放当月个人的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。”即根据现行的《个人所得税法》的规定，单位为职工缴纳的基本养老保险、基本医疗保险可在税前扣除，但是单位为职工缴纳的补充养老保险、补充医疗保险必须在税后扣除。
三、补充养老保险费、补充医疗保险费的会计处理
从薪酬的本质出发，现行会计准则规定，职工薪酬是指企业为获得职工提供的服务而给予的各种形式的报酬以及其他相关支出，也即凡是企业为获得职工提供的服务所给予或付出的所有代价（对价），均构成职工薪酬。因此补充养老保险、补充医疗保险是职工薪酬核算的范畴，在“应付职工薪酬”科目下可设“补充社会保险费”明细科目，补充养老保险、补充医疗保险不是工资总额的组成部分，只是以工资总额作为计算依据，并不是企业的人工费用，不属于生产成本中的直接人工，所以应该作为期间费用，直接记入“管理费用”科目。职工个人负担的补充保险费，由企业代扣代缴，从职工工资中代扣时，借记“应付职工薪酬”科目，贷记“其他应付款——职工个人保险费”科目。