时下，一些有经济实力的企业依据《企业年金试行办法》（劳动和社会保障部令第20号）的规定，相继为其职工建立了企业补充养老保险。近期，税务部门在对一些企业2009年度个人所得税全员全额扣缴明细申报进行复核时，发现有的企业并未正确理解年金个税扣缴中的相关税收政策规定，在个税计算中与基本养老保险、商业性补充养老保险的相关操作性规定相混淆。为此，税务部门在对这些企业进行政策辅导的同时，并要求其重新进行个税申报。
基本养老保险单位和个人按规定比例缴纳的部分，个税按规定免税，超标部分并入当月工资、薪金所得合并计算。
《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）规定，企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费免征个人所得税，同时对个人按照上述规定实际缴付的基本养老保险费允许在个人应纳税所得额中扣除。
企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
比如，某电信企业职工李某2009年3月取得工资、薪金5000元（不考虑其他相关社会保险费等），当地政府规定基本养老保险缴纳比例，单位缴纳的比例为工资总额的20%，个人为8%。企业按工资总额40%的比例为李某缴付养老保险2000元（5000元×40%），按当地政府规定的20%比例计算的数额应为1000元（5000元×20%），即企业超标准为李某支付养老保险1000（2000－1000）元；按工资总额8%的比例代扣其个人应负担的养老保险400元（5000×8%），符合当地政府规定的比例。因此，按照财税[2006]10号文件的规定，李某养老保险个人负担部分不超标可按规定扣除，但对单位超过规定比例为其负担的1000元养老保险应并入其当期的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。则李某2009年3月份应当缴纳的个人所得税415元，即[5000－400＋（2000－1000）－2000]×15%－125。
也就是说，对基本养老保险的个税计算，只要是按国家规定比例和标准缴纳，无论是单位缴纳还是个人缴纳的部分均免征个税，但超过上述规定比例和标准的部分则应并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
商业性补充养老保险直接并入当月工资、薪金所得计算缴纳个税。
这里的政策规定，主要涉及的是企业为职工向商业性保险公司缴纳的补充养老保险。根据《财政部、国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》（财税[2005]94号）及《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函[2005]318号）规定，企业为员工支付各项免税之外的保险金，包括为职工个人购买商业性补充养老保险等，应在企业向保险公司缴付时（即该保险落到被保险人的保险账户）并入员工当期的工资收入，按工资、薪金所得项目计征个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。同时，《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号）也明确规定，对个人取得该通知规定之外的其他补充养老保险收入，应全额并入当月工资、薪金所得依法征收个人所得税。
如某单位2009年度分别为其公司高层人员向当地保险机构办理了10000元的商业补充养老保险，但这10000元应并入该人员当月工资、薪金收入，合并计算缴纳个人所得税。
年金个税计算应把握“四不”原则。
企业年金，是指企业及其职工在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险。企业年金基金由企业缴费、职工个人缴费和企业年金基金投资运营收益组成。为此，企业应区分上述基本养老保险与商业养老保险的个税缴纳规定，结合国税函[2009]694号文件精神，对年金中的企业及个人缴费部分的个税计算着重把握以下“四不”原则。即企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除；企业年金的企业缴费计入个人账户的部分，一是不与正常工资、薪金合并，单独视为一个月的工资、薪金。二是不扣除任何费用，对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，应均作为一个月的工资、薪金。
例如，某公司从2009年1月份起建立企业年金基金，企业缴费部分为上年度职工工资总额的4%，个人缴费部分为4%。该公司员工赵某，2009年12月份工资、薪金收入为6000元（不考虑社会保险费等的扣缴），企业为其代扣年金240元，企业缴费的年金为240元，则赵某的个人所得税应根据上述原则做如下计算扣缴。
当月发放工资及单位和个人年金缴费部分的个人所得税处理为：工资、薪金应缴纳个人所得税，（6000－2000）×15%－125=475（元）（这里不得扣除企业年金个人缴费部分240元）；企业缴费年金部分应缴个人所得税240×5%=12（元）。
假如该公司采取于2009年底一次性为职工缴纳年金，其他条件不变，则赵某12月份工资、薪金个人所得税仍为475元，但企业缴年金金额则为2880元（240×12），但在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，即缴个税307元（2880×15%－125）。需要说明的是，企业一次性缴纳的年金，不属于一次性奖金，不能按照《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2009]9号）的规定，将上述一次性缴纳的年金除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数的办法来计算缴纳个人所得税。
另外，对于企业直接向职工发放的补充养老保险，根据《国家税务总局关于企业发放补充养老保险金征收个人所得税问题的批复》（国税函[1999]615号）的规定，对在职职工取得的该笔所得，应全额计入发放当月个人的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。