国家税务总局近日发布的《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定，房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。房地产企业进行企业所得税和土地增值税相关处理时，需要注意两者的区别。
《闲置土地处置办法》（国土资源部令〔1999〕第5号）第二条规定，闲置土地是指土地使用者依法取得土地使用权后，未经原批准用地的人民政府同意，超过规定的期限未动工开发建设的建设用地。
具有下列情形之一的，可以认定为闲置土地：
（一）国有土地有偿使用合同或者建设用地批准书未规定动工开发建设日期，自国有土地有偿使用合同生效或者土地行政主管部门建设用地批准书颁发之日起满1年未动工开发建设的；
（二）已动工开发建设但开发建设的面积占应动工开发建设总面积不足1/3，或者已投资额占总投资额不足25%，且未经批准中止开发建设连续满1年的；
（三）法律、行政法规规定的其他情形。
对于在城市规划区范围内，以出让等有偿使用方式取得土地使用权进行房地产开发的闲置土地，超过出让合同约定的动工开发日期满1年未动工开发的，可以征收相当于土地使用权出让金20%以下的土地闲置费；满2年未动工开发时，可以无偿收回土地使用权。目前，各地方政府均制定了具体的实施办法。土地闲置费根据土地性质按照不同类别比例收取，例如某市规定，逾期不开发的住宅用地征收土地闲置费为合同地价或者基准地价的8%，逾期不开发的港口、码头、陆路交通运输站场、工业、仓储等工业用地按原合同地价的20%征收土地闲置费。
收取土地闲置费旨在打消开发商囤地或捂盘而想获得额外收益的意图，从而遏制房价上涨。在地价不断上涨的今天，动辄每亩上百万元、上千万元的地价款，若征收土地闲置费，较高的绝对额势必直接影响开发商的税收利益。
《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）第二十二条规定，企业因国家无偿收回土地使用权而形成的损失，可作为财产损失按有关规定在税前扣除。第二十七条规定，开发产品计税成本支出——土地征用费及拆迁补偿费指为取得土地开发使用权（或开发权）而发生的各项费用，主要包括土地买价或出让金、大市政配套费、契税、耕地占用税、土地使用费、土地闲置费、土地变更用途和超面积补交的地价及相关税费、拆迁补偿支出、安置及动迁支出、回迁房建造支出、农作物补偿费、危房补偿费等。
按照企业所得税相关规定，土地闲置费可以计入开发产品计税成本，能够在税前扣除。因国家无偿收回土地使用权而形成的损失也可作为财产损失在税前扣除。但是国税函〔2010〕220号文件明确了房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得在清算土地增值税时扣除，因此，房地产企业在土地增值税清算时，再不能按照企业所得税口径去计算土地成本了。