2009年4月30日，财政部和国家税务总局发布了《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（以下简称“通知”），通知中定义的企业重组活动包括企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等方式。在实务中，通常将股权收购、资产收购和合并等几种方式统称为企业并购，即获取企业实际控制权的一种交易方式。
（一）企业并购所得税处理的规定
1.股权收购。股权收购中收购企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合，但仅当股权支付的比例不低于交易支付总额的85%时才能按特殊税务处理原则来处理所得税。对收购企业而言，如果按一般税务处理，收购中取得的股权应以公允价值作为计税基础，而如果按特殊税务处理则可以沿用被收购股权的原有计税基础。对被收购企业的股东而言，如果按一般税务处理，其应确认股权转让所得或损失；而如果按特殊税务处理，被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础则以被收购股权的原有计税基础确定。
2.资产收购。资产收购中受让企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合，但仅当受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%时才能按特殊税务处理原则来处理所得税。总体来看，资产收购与股权收购的税务处理原则基本一致。需要注意的是，在股权收购和资产收购中如果按特殊税务处理，虽然对交易中股权支付暂不确认有关标的转让所得或损失，但对非股权支付仍应在交易当期确认相应标的转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
3.企业合并。合并中合并企业如果对接受的被合并企业的资产和负债按一般税务处理，须以公允价值作为计税基础；而如果按特殊税务处理，则计税基础以被合并企业的原有计税基础确定，并且被合并企业在合并前的相关所得税事项由合并企业承继。如果按一般税务处理，被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理，被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补；而如果按特殊税务处理，被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
（二）企业并购特殊性税务处理的适用条件
如何判断一宗并购交易是否符合特殊性税务处理的条件呢？通知中规定只有同时符合下列条件的，才可适用特殊性税务处理，除此以外按一般税务处理：1.具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；2.被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例；3.企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；4.重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例；5.企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
上述第2条和第4条所称的规定比例可以概括为：购买标的不低于75%，股权支付不低于85%。具体来看，在股权收购中，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；在资产收购中，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75%，且受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；在合并中，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并。
对于跨国并购，也即涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的股权和资产收购交易，除应符合上述五条基本的判别条件外，还应同时符合下列条件，才可选择适用特殊性税务处理规定：1.非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权；2.非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权；3.居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资；4.财政部、国家税务总局核准的其他情形。
在企业并购所得税处理新政策的具体应用中，并购交易主体在并购交易构造时应首先判断交易是否有可能符合特殊性税务处理的条件，如果符合纳税递延的条件，还应进一步评估选用特殊性税务处理带来的财务影响，从而为交易定价及节税利益如何在买卖双方间分配的谈判提供依据。