A房地产企业开发的B项目，2007年实现预售收入1000万元，预计计税毛利率为20%，期间费用及可扣除税金为150万元，当年缴纳企业所得税16.5万元；2008年实现预售收入2000万元，预计计税毛利率为15%，期间费用及可扣除税金为200万元，当年缴纳企业所得税25万元；2009年B项目竣工交付业主使用，当年实现销售收入3000万元，期间费用及可扣除税金为250万元，项目计税成本为4200万元。假设没有其他纳税调整项目，A房地产企业在B项目竣工清算年度，即2009年需要缴纳多少企业所得税？
A房地产企业财务人员认为，B项目竣工清算共计实现销售收入6000万元（1000＋2000＋3000），发生计税成本4200万元，项目期间费用及可扣除税金600万元（150＋200＋250），应纳税所得额＝6000－4200－600＝1200（万元），应缴企业所得税＝1200×25%＝300（万元），实际预缴企业所得税＝16.5＋25＝41.5（万元），项目竣工清算应补缴企业所得税＝300－41.5＝258.5（万元）。
实际上，该财务人员并没有领会《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）相关规定的具体含义。
第一，房地产企业开发经营业务的企业所得税处理并不仅着眼于具体项目的损益情况，无论项目是否完工，无论开发产品是预售还是现售，都应当在当年度确认销售收入并汇算清缴企业所得税。上例中，A房地产企业2007年度、2008年度缴纳的企业所得税实质上是当年度汇算清缴的应纳税额，并非B项目完工前的预缴税额。
第二，企业销售未完工开发产品取得的销售收入，应先按预计计税毛利率分季度（或月度）计算出预计毛利额，计入当期应纳税所得额。上例中，A房地产企业2007年销售收入对应的应纳税所得额＝1000×20%－150＝50（万元），2008年销售收入对应的应纳税所得额＝2000×15%－200＝100（万元）。
第三，开发产品完工后，企业应及时结算其计税成本并计算此前销售收入的实际毛利额，同时将其实际毛利额与对应的预计毛利额之间的差额，计入当年度企业的应纳税所得额。
B项目计税成本为4200万元，实际毛利率＝（6000－4200）÷6000×100%＝30%，2007年、2008年实际毛利额与预计毛利额的差额分别为100万元[1000×（30%－20%）]和300万元[2000×（30%－15%）]，毛利差额400万元（100＋300）应当计入2009年度应纳税所得额。
第四，确定2009年度应纳税所得额＝3000－[4200－3000×（1－30%）]－250＋400＝1050（万元），应纳所得税＝1050×25%＝262.5（万元）。
以上计算结果与企业财务人员计算结果的差额＝262.5－258.5＝4（万元），形成此差异的原因在于房地产开发企业对于销售收入的理解不准确，将项目清算与所得税汇算相互混淆。该例中，清算仅指项目计税成本的最终结算，涵盖了3年的销售期间，而汇算指按照年度分别计算的企业所得税应纳税额，两者不能等同。