资产收购与直接股权收购是两种不同性质的交易活动，根据《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号，以下简称财税[2009]59号《通知》）及《企业重组业务企业所得税管理办法》（国家税务总局公告2010年第4号，以下简称《企业重组管理办法》）规定精神，资产收购是指一家企业购买另一家企业实质经营性资产的交易；股权收购是指一家企业购买另一家企业的股权，以实现对被收购企业实施控制的交易（由于股权收购包括直接面对账面的收购和通过第三方股权投资者间接收购两部分，为与资产收购的对象范围相同，便于对资产收购与直接股权投资的政策理解，本文对股权收购部分只指直接面对账面的收购部分，故称之为直接股权收购，但为便于叙述以下亦将其称之为资产收购），根据财税[2009]59号《通知》和《企业重组管理办法》规定，资产收购与直接股权收购两者的交易对象、交易方式相同，但税务处理有所不同，笔者结合实际归纳如下，供参考：
一、相同点
1、支付对价的方式相同。不论是资产收购还是直接股权收购，收购企业支付对价都采取股权支付、非股权支付或者两者相结合三种方式。
2、交易中对资产、股权计税基础的确定原则相同。不论是资产收购还是股权收购，财税[2009]59号《通知》和《企业重组管理办法》都给出了一般和特殊两种处理方法：在适用于一般性处理的情况下，企业收购资产、股权相关交易均要求按以下原则进行：
（1）被收购方应确认资产、股权转让所得或损失。
（2）收购方取得资产或股权的计税基础以公允价值为基础确定。
（3）被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
在适用于特殊性处理的情况下，交易各方对交易中股权支付部分均可以按照原有计税基础确定，暂不确认有关资产的转让所得或损失，但如果选择按公允价值确定或者全部或部分选择除股权以外的其他非货币资产支付则必须在交易当期确认相应资产的转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。其中：
非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）
【例】A企业用500万元的资产购买B企业的全部资产500万元（均为公允价值、双方均为增值税一般纳税人）。其中：在A企业支付的对价资产中用股权支付450万元，初始计税价格420万元，占全部交易支付额的90%，用自己生产的产品支付50万元，销售成本价30万元。在购买的B企业资产中固定资产200万元，折余价值150万元；股权投资30万元，账面价值26万元；原材料170万元，账面价值140万元；库存产成品100万元，成本价70万元。则：
A企业用产品支付对应的资产转让所得＝（500－450）×（50÷500）＝5万元
B企业非股权支付对应的资产转让所得＝（500－386）×（50÷500）＝11.4万元
3、适用特殊性处理要求的条件相同。企业收购资产、股权同时符合以下条件时对交易中的股权支付部分均可选择特殊性税务处理：
（1）具有合理的商业目，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
（2）收购资产或股权的比例不低于被收购企业全部资产或股权的75%。
（3）自资产或股权收购之日起连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
（4）收购资产或股权交易对价中发生的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。
（5）在资产或股权收购过程中取得股权支付的被收购企业原持有20%以上股权的股东自收购之日起连续12个月内不转让所取得的股权。
（6）企业发生涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的资产和股权收购交易，除应符合上述条件外，还应同时符合以下条件：
①非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权。
②非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权。
③居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资。
④财政部、国家税务总局核准的其他情形。
4、向主管税务机关报送的备案资料相同。企业不论是发生资产收购还是股权收购业务均应向主管税务机关报送以下资料：
（1）当事方的资产、股权收购业务总体情况说明。
（2）当事各方所签订的资产、股权收购业务合同或协议。
（3）评估机构出具的资产、股权收购所体现的资产公允价值评估报告。
（4）涉及各方股权计税基础的有效凭证。
（5）工商等相关部门核准相关企业股权变更事项证明材料。
（6）税务机关要求提供的其他材料证明。
此外，如果企业发生资产收购、股权收购业务选择特殊性税务处理均应针对特殊性处理报送以下资料：
（1）当事各方在交易完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件，包括资产收购比例，支付对价情况，以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动、原主要股东不转让所取得股权的承诺书等，否则不得按特殊重组业务进行税务处理。同时，针对适用特殊性税务处理的第⑶项和第⑸项条件还应向主管税务机关提交书面情况说明，证明企业在重组后的连续12个月内，有关符合特殊性税务处理的条件未发生改变。如果当事方的其中一方在规定时间内发生生产经营业务、公司性质、资产或股权结构等情况变化，致使收购业务不再符合特殊性税务处理条件的，发生变化的当事方应在情况发生变化的30天内书面通知其他所有当事方，主导方在接到通知后30日内将有关变化通知其主管税务机关。并且在情况发生变化后60日内，按照一般性处理的规定调整收购业务的税务处理。原交易各方应各自按原交易完成时资产和负债的公允价值计算收购业务的收益或损失，调整交易完成纳税年度的应纳税所得额及相应的资产和负债的计税基础，并向各自主管税务机关申请调整交易完成纳税年度的企业所得税年度申报表。
（2）报送以下资料说明发生资产、股权收购具有合理的商业目的：
①收购活动的交易方式。即收购活动采取的具体形式、交易背景、交易时间、在交易之前和之后的运作方式和有关的商业常规。
②收购交易的形式及实质。即形式上交易所产生的法律权利和责任，也是该项交易的法律后果。另外，交易实际上或商业上产生的最终结果。
③收购活动给交易各方税务状况带来的可能变化。
④收购活动各方从交易中获得的财务状况变化。
⑤收购活动是否给交易各方带来了在市场原则下不会产生的异常经济利益或潜在义务。
⑥非居民企业参与收购活动的情况。
（3）对发生涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的资产和股权收购交易适用特殊税务处理的，对符合上述补充条件中的前两条件的，按照《国家税务总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》（国税发[2009]3号）和《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）要求准备和提供资料；对符合第三个条件的居民企业应向其所在地主管税务机关报送以下资料：
①当事方的有关收购情况说明，申请文件中应说明股权转让的商业目的。
②双方所签订的股权转让协议。
③双方控股情况说明。
④由评估机构出具的资产或股权评估报告。报告中应分别列示涉及的各单项被转让资产和负债的公允价值。
⑤证明收购业务符合特殊性税务处理条件的资料，包括股权或资产转让比例，支付对价情况，以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动、不转让所取得股权的承诺书等。
⑤税务机关要求的其他材料。
二、不同点
1、获得的权利不同。
资产收购获得是对企业全部资产的实质性经营权，即资产收购交易完成后，收购企业对向被收购企业已收购的固定资产、无形资产存货、存货等可直接或派人组织实施生产经营活动，并对所经营的资产享有绝对的处置权；而股权收购购买的是对被收购企业资产的拥有或控制权，收购企业不直接参与被收购企业的生产经营活动，对其财产也没有直接的处置权。
2、承担风险的方式不同。
资产收购完成后收购企业直接组织或参与被收购企业的生产经营活动，承担和处理发生或可能发生的一切风险活动，如采购风险、销售风险、资产储备风险、运输风险、决策风险、投资风险、纳税风险等等。股权收购只承担投资收益风险，在投入的人力、物力和财力上也远远不如实施资产收购的企业。
3、在利益分配中所处的地位不同。
资产收购完成后收购企业是被收购企业的经营者和管理者，同时也是被收购企业经营成果的直接分配者，而股权收购完成后，收购企业不直接参与管理，除持股比例达到一定比例并出任董事长外，一般均是被动地接受经营成果的分配。
4、会计核算运用的科目不同。
对于资产收购不论是采取股权支付、还是非股权支付或者采用两者相结合的支付方式，对收购的资产都应按资产收购清单中的交易资产名称设置会计科目进行核算，如：固定资产、无形资产、生物资产、原材料、库存商品、银行存款、现金、以及应收应付款项、长期股权投资，等等。而股权收购不论是采取股权支付、还是非股权支付或者采用两者相结合的支付方式，对收购的股权一律通过“长期股权投资”科目核算。
例如：假如上例涉及到的固定资产为不动产，也不考虑缴纳营业税和土地增值税问题，涉及的产成品和原材料的公允价值均为含税价格，则A企业资产收购的会计分录为：
对收购的资产：
借：固定资产 200万元
长期股权投资 30万元
原材料 170万元
库存商品 100万元
贷：长期股权投资 420万元
主营业务收入 42.74万元
营业外收入 30万元
应交税费——应交增值税（销项税额） 7.26万元
结转用产品支付的成本时：
借：主营业务成本 30万元
贷：库存商品 30万元
B企业清算的相关会计分录为：
对换回的资产：
借：长期股权投资 450万元
库存商品 50万元
贷：固定资产清理 200万元
长期股权投资 26万元
营业外收入 4万元
主营业务收入 85.47万元
其他业务收入 145.3万元
应交税费——应交增值税（销项税额） 39.23万元
结转转让资产的成本：
借：固定资产清理 150万元
累计折旧 50万
主营业务成本 70万元
其他业务支出 140万元
贷：固定资产 200万元
库存商品 70万元
原材料 140万元
结转“固定资产清理”账户时：
借：固定资产清理 50万元
贷：营业外收入 50万元
需要说明的是：不论是资产收购还是股权收购，选择特殊性税务处理其内容属于企业所得税纳税调整的一部分，在会计核算上必须按照实际结算价格核算，然后在年终汇算清缴时再将其享受的税收优惠从总的计税所得额中剔除，如上例A企业应剔除的计税所得额为30＋42.74－30－5＝37.74万元；B企业应剔除的计税所得额为200＋4＋85.47＋145.3－150－70－140－11.4＝63.37万元。