案例：某房地产开发企业于2008年初以支付土地出让金300万元的代价取得某小区商品房开发项目，由于资金周转等原因，企业取得土地使用权后，直到2009年2月份才动工建设，为此，当地国土部门责令其缴纳土地出让金20%（即60万元）的土地闲置费。今年6月上旬小区商品房全部销售完毕。企业已完成2009年企业所得税汇算清缴，目前正按税务机关要求进行土地增值税清算事宜。企业在进行所得税汇算清缴时，土地闲置费被允许扣除，但在土地增值税清算时，税务机关却不允许作为扣除项目。企业财务人员很是不解，这是为什么呢？
这里需要说明的是，征收土地闲置费，是属于行政事业性收费行为，并不属行政处罚行为，无论是此前的《国家税务总局关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》（国税发〔2006〕31号）还是国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》的通知（国税发〔2009〕31号）均明确规定，开发企业以出让方式取得土地使用权进行房地产开发的，必须按照土地使用权出让合同约定的土地用途、动工开发期限开发土地。因超过出让合同约定的动工开发日期而缴纳的土地闲置费，土地闲置费可作为土地征用费及拆迁补偿费项目在开发产品计税成本支出中扣除。因此，土地闲置费可以在企业所得税前据实扣除。
另外，国税发〔2009〕31号文件第二十二条还明确规定，企业因国家无偿收回土地使用权而形成的损失，可按照国家税务总局关于印发《企业资产损失税前扣除管理办法》的通知（国税发〔2009〕88号）第三条的规定，可作为财产损失，在按税收规定实际确认或者实际发生的当年申报扣除。
按照《国务院关于坚决遏制部分城市房价过快上涨的通知》（国发〔2010〕10号）要求，税务部门要严格按照税法和有关政策规定，认真做好土地增值税的征收管理工作，对定价过高、涨幅过快的房地产开发项目进行重点清算和稽查。基于国发〔2010〕10号文件的规定性要求，《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）作出了房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除的原则性规定。
因此，税务机关在企业所得税汇算清缴和土地增值税清算中对于土地闲置费的不同处理方式，均有法可依，有据可查，企业应区别对待，区别处理。