根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）规定，企业发生由法人向个人独资企业、合伙企业等非法人组织的转变，或将登记注册地转移至中华人民共和国境外（包括港澳台地区，下同）而变更注册登记的情形属法律形式的改变，应当依法就其涉及的企业所得税、个人所得税、增值税、消费税、营业税及土地增值税等进行清算。
企业法律形式改变的所得税处理
根据《企业重组业务企业所得税管理办法》（国家税务总局公告2010年第4号）第十条及《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）规定，企业法律形式改变后应当按以下原则和程序进行清算。
一、将全部资产均按公允价值计算可变现价值，减除资产清算前的计税基础，确认资产清算所得或损失。
二、确认债权、债务，计算债权、债务清算所得或损失。
三、改变持续经营核算原则，对预提或待摊性质费用进行一次处理。
四、依法弥补以前年度发生的应按规定在以后年度弥补但弥补期未满的应弥补未弥补亏损，已超过弥补期未弥补完的亏损不得弥补。
五、确定清算所得，计算并缴纳所得税。
例如：A企业是增值税一般纳税人（法人企业），企业所得税税率为25%，2010年8月初经批准改为境内合伙企业。假定8月份未发生收入和成本费用支出，经清算各项资产、负债确认结果为：房屋、机器设备、专有技术、库存商品、低值易耗品等资产公允价值705万元，清算前计税基础410万元；确认应提预提费用余额1万元；一次处理（列支）已发生的待摊费用20万元；所有债权、债务均已结清；最后确认清算所得为705－410＋1－20＝276（万元）。则该企业应缴纳清算所得税为276×25%＝69（万元）。
企业法律形式改变的资产分配和个人所得税的处理
企业法律形式改变的清算与破产清算不同，法律形式改变后的企业实体还存在，还将进行正常的生产经营，因此，按照财税〔2009〕59号文件规定清算只涉及企业所得税和股东财产的重新分配，在股东财产分配上也不能完全依照财税〔2009〕60号文件规定的方法，按全部可变现资产的公允价值依次减除清算费用、职工工资、社会保险费用和法定补偿金、清算所得税、以前年度欠税以及债务的模式向所有者分配全部剩余资产。而只能就清算所得支付清算所得税后的剩余所得进行分配，清算所得大于零时为投资资产转让（企业法律形式的改变从法律上应将其视为前、后两个企业，故可视为资产转让）所得，清算所得小于零时应按股东持有股份或投资额分配应承担的资产转让损失份额。同时，根据《企业所得税法》第二十六条、《企业所得税法实施条例》第八十三条、国家税务总局公告2010年第4号、财税〔2009〕60号文件规定，居民企业间股权投资获得的股息、红利免征企业所得税，但对获得的资产清算所得，投资者应确认为投资资产转让所得缴纳企业所得税；根据《个人所得税法》及其实施条例要求，对居民个人股东分得的投资资产清算所得还应按照规定代扣代缴个人所得税。
例如：假定上述A企业改变企业法律性质前为有限责任公司，有甲、乙、丙3个股东，其中甲、乙为居民个人股东，丙为企业法人股东，投资额分别为19万元、30万元、51万元，截至2010年7月31日累计未分配利润124万元，则3个股东各自应分得的清算所得如下。分配比例=（276－69＋124）÷（19＋30＋51）×100%＝331%。甲股东应分得的清算所得为19×331%＝62.89（万元）；乙股东应分得的清算所得为30×331%＝99.3（万元）；丙股东应分得的清算所得为51×331%＝168.81（万元）。其各自应分得的累计未分配利润为：甲股东：124÷（19＋30＋51）×19＝23.56（万元）；乙股东：124÷（19＋30＋51）×30＝37.2万元；丙股东：124÷（19＋30＋51）×51＝63.24（万元）。即各股东在改变法律形式时合计应分得的股息为：甲股东：62.89＋23.56＝86.45（万元）；乙股东：99.3＋37.2＝136.5（万元）；丙股东：168.81＋63.24＝232.05（万元）。
企业法律形式的改变虽然没有在市场上发生实质性的资产转让，但改变后已经注册为一个新企业，在法律界定上相当于把一个企业的资产变卖给了另一个企业，因此，根据《个人所得税法》第二条、并参照《国家税务总局关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》（国税函〔2007〕244号）、《财政部、国家税务总局关于个人股票期权所得征收个人所得税问题的通知》（财税〔2005〕35号）等有关规定，对于甲、乙两居民个人股东获得的投资清算所得应分别按资产转让所得和股息、红利所得代扣个人所得税。其中，对甲股东应代扣的资产转让所得个人所得税是62.89×20%＝12.578（万元）；对乙股东应代扣的资产转让所得个人所得税为99.3×20%＝19.86（万元）；对丙企业法人投资者股东分得的168.81万元清算所得减除63.24万元免税的股息所得后应视为投资所得（收益）并入当期所得额征收企业所得税。如果法人股投资人为非居民企业，则应依照《企业所得税法》及相关规定对其获得的全部清算所得代扣代缴非居民企业所得税。
法律形式改变后新企业股东投资的入账价格确定
企业法律形式改变时投资者虽然没有真正收回投资收益，但通过被投资企业的清算，投资者已经获得了投资收益的所有权，通过重新投入改变后的新企业，投资者的控股数额或投资额已经发生变化，并重新取得控股权，但因投资者的身份不同，控股数额变化幅度也不尽相同。假设上述A企业清算后各位股东又与其他企业和个人投资兴办了一家新企业，即原A企业的各位股东将全部资产均投入到了新企业。则原A企业各位股东对新企业的可控投资额变化如下：甲股东的新股投资额为19＋62.89－15.2＝66.69（万元）；乙股东的新股投资额为30＋99.3－24＝105.3（万元）；丙企业股东的新股投资额为51＋168.81＝219.81（万元）。
作为企业股的丙股东对收回超过原投资额的部分（本例为219.81－51＝168.81万元）应同时增加该项长期投资的计税基础，即在会计上作增加“长期股权投资”和“投资收益”处理。
企业将登记注册地转移至境外时可能出现的涉税问题
企业在将登记注册地转移至境外时，因不动产不能移动，可能涉及就地变卖或出售问题，所生产和购买的货物既可以转移境外，也可能存在就地出售的问题，但无论是就地变卖、出售还是转移境外，均应按以下原则处理。
一、出售不动产房屋需要按规定缴纳营业税和土地增值税。
二、对于转移境外的货物应按出口对待，应按规定办理出口退税；对于就地出售的货物还应按规定缴纳增值税，属于应征消费税的自产货物，还应依法缴纳消费税。
三、在清算前出售时，应将出售所得和缴纳的税金记入清算所得，在清算后出售时，记入新企业的当期损益。
除以上情形外，企业发生其他法律形式简单改变的，可直接变更税务登记，除另有规定外，有关企业所得税纳税事项（包括亏损结转、税收优惠等权益和义务）由变更后企业承继，但因住所发生变化而不符合税收优惠条件的也必须按照上述方法进行清算。