在税收实践工作中，对于企业使用不符合规定发票如何进行处理，各地各级税务机关的做法可谓五花八门、莫衷一是，有的直接调增应纳税所得额，作补税罚款处理；有的允许扣除，但按发票管理办法处理，那么对于企业使用不符合规定的发票到底如何处理呢？笔者认为应当按照国税发[2008]80号《国家税务总局关于进一步加强普通发票管理工作的通知》第8条第2款规定处理。
第2款是这样规定的：在日常检查中发现纳税人使用不符合规定发票特别是没有填开付款方全称的发票，不得允许纳税人用于税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销。对应开不开发票、虚开发票、制售假发票、非法代为开具发票，以及非法取得发票等违法行为，应严格按照《中华人民共和国发票管理办法》的规定处罚；有偷逃骗税行为的，依照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定处罚；情节严重触犯刑律的，移送司法机关依法处理。
下面试对上文作数点解析：
1、不符合规定发票不得税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销，也即企业失去了企业所得税可以税前抵减的成本、费用、损失和其它支出，失去了抵扣增值税进项税款条件，失去了申请出口退还增值税、消费税条件，最为关键的是不得报销，我个人理解即不得作为原始凭证纳入财务核算体系，如果企业反其道而行之，则在税务检查或纳税评估过程中被发现者，这些不符合规定的发票如果不能重新取得就面临着纳税调整、补征税款等一系列涉税问题。
2、发现不符合规定发票不意味着就要纳税调整、补征税款，为什么？其一发现不符合规定发票即行纳税调整、补征税款违反了税法公平宗旨，取得不符合规定发票的原因有多种，有主观故意也有客观原因，一概而论显失公平；其二发票只是表明一项业务存在的表征，而并不代表这项业务的真实性，只以表征违规而行对真实性业务的调整、补税，显然极不合理；其三税收在具惩戒功能之时教育功能亦不可少，发现不符合规定发票时应当允许企业限期取得发票，或提供能证明其真实性的其他合法凭据，而不宜不问青红皂白不给企业以改正机会就作纳税调整、补征税款等。
3、处罚要视情况而定，对应开不开发票、虚开发票、制售假发票、非法代为开具发票，以及非法取得发票等违法行为，应严格按照《中华人民共和国发票管理办法》的规定处罚，上述诸项行为可以总结为主观故意，如果企业并没有主观上的故意而获取的不符合规定发票显然就不应当按照发票管理办法处罚，比如A企业从B企业购进一批货物，B企业却突然消失，而使A企业无法获取符合规定的发票，再比如A企业采购人员将购货发票遗失，上述这些情况均不应当予以处罚；
有偷逃骗税行为的，依照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定处罚，此条规定实质是体现了真实性原则，即无论企业是否取得符合规定发票，只要业务不真实，造成偷逃骗税行为均应按照征管法相关条文处罚，如果没有造成偷逃骗税行为就不能按照征管法处罚；
情节严重触犯刑律的，移送司法机关依法处理，即上述应开不开发票、虚开发票、制售假发票、非法代为开具发票、非法取得发票等行为以及造成了偷逃骗税行为如果触犯了刑法，就应当移送公安、检察院等司法机关予以处理。
由上述三点分析，对待企业取得不符合规定的发票应当作如下处理：
1、鉴别业务真实与否，如果业务不真实但未造成偷逃骗税后果按发票管理办法处罚，如果同时造成偷逃骗税后果，在按照发票管理办法处罚同时亦应对照税收征管法相关条款予以处罚，涉及触犯刑律的，移送司法机关处理。
2、业务真实，但未取得符合规定发票，应当责令企业限期取得发票，同时对应开而不开具发票、虚开发票、制售假发票、非法代为开具发票、非法取得发票等行为按照发票管理办法处罚，如果确实不能取得发票，可以能证明业务真实性的其他合法凭据作为业务真实性发生的支撑。假设不能证明业务真实性，则视同企业放弃税前扣除、抵扣税款、出口退税权益。由此而增加的税收成本由企业自行消化。
我的上述看法也得到了若干省市税务局文件政策的支撑，即发现违规票据时责令限期改正，改正后取得合法、真实凭证的允许税前扣除，如果逾期仍无法取得的，则不允许税前扣除，并根据具体情况作出偷税、发票违规等处罚。
我们假设一个极端的例子，某税务局对采用查账征收方式的A建材建造有限公司进行税收检查，发现A公司制造建材购进的黄沙、水泥、钢材等基本上没有取得正式增值税销售发票，于是全额调增，也就是说成本基本上得不到扣除，对A公司的税收处理其实就是按收入额的25%来征收企业所得税。假设收入额是1000万，则应缴纳250万。
我们再假定A公司是核定征收企业，核定应税所得率10%，则应缴纳企业所得税1000×10%×25%=25万。
结果是什么？采用查账征收方式的企业，居然企业所得税税负是核定征收方式企业的十倍。
这显然是不合理的，税务机关这种全额调增的方式也是错误的，象A公司这种情况，首先应当责令限期取得发票，其次如果在限期内仍不能取得发票，则应按照成本费用核算不清，采用核定征收方式，而不是调增后计算企业所得税。否则势必造成税负的巨增，也是违反企业所得税的公平原则。