为进一步规范税款退库工作，保证税款资金安全，国家税务总局日前提出，各级税务机关要进一步强化内部制约机制，退税审批部门和退库办理部门必须严格分开，不得由一个部门既进行退税审批，又办理具体退库手续。
国家税务总局重申，办理税款退库属于税收会计业务范围，各级税务机关收入规划核算部门是办理税款退库的专职业务部门，负责办理出口退税、减免退税、汇算结算退税、误收退税等各项税款的退库业务。收入规划核算部门要严格按照各项法律法规和财经纪律办理税款退库手续，确保税款资金安全。税务机关必须依据纳税人或扣缴义务人填报的退税申请书方可办理退税；《税收收入退还书》开具人员和退库专用国库预留印鉴保管人员必须分开（电子退库情况下，应增设复核岗位，电子收入退还书开具岗位和复核岗位必须分开，电子收入退还书开具后必须经由复核人员复核授权后才能发送）；税收会计必须把退税申请书与退税审批件、收入退还书一起装订；使用电子收入退还书的，必须把电子收入退还书与相应的退税申请书、退税审批件信息相关联；要按期、准确上报相关会统报表，及时、全面地反映退库情况。
国家税务总局规定，对于符合条件的应退税款，税务机关应按照税收法律法规规定，及时为纳税人办理退税。税务机关发现纳税人多缴税款的，应当自发现之日起10日内办理退还手续；纳税人发现多缴税款，要求退还的，税务机关应当自接到纳税人退还申请之日起30日内查实并办理退还手续。
国家税务总局强调，收入规划核算部门要发挥退库办理工作的会计监督职能。要根据退税审批部门转来的退税审批件和纳税人的退税申请书，复核退税原因、退税依据、原完税情况、预算科目、预算级次、退税金额、退税收款账户等退库凭证项目内容，开具《税收收入退还书》发送当地国库办理退库。对于发现退库资料缺失、退库项目不合规定等问题的，应退回审批部门或报告上级领导。
国家税务总局要求，各级税务机关要认真落实税收会计检查制度。要根据收入退库制度的有关规定，检查《税收收入退还书》是否按规定填开，有无违规退库行为。对于因制度执行不力造成税款损失的，上级税务机关应严肃追究主管税务机关领导和相关责任人的责任。