国家税务总局于2017年3月28日发布《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》（国家税务总局公告2017年第6号）（以下简称“办法”），进一步完善特别纳税调整及相互协商程序管理工作，对税务机关在对企业关联交易等相关行为调查过程中的一些工作标准进行了明确。此法规2017年5月1日起施行，替代了《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发〔2009〕2号文）第四章、第五章、第十一章和第十二章、《国家税务总局关于加强转让定价跟踪管理有关问题的通知》（国税函〔2009〕188号）、《国家税务总局关于强化跨境关联交易监控和调查的通知》（国税函〔2009〕363号）、《国家税务总局关于特别纳税调整监控管理有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第54号）、《国家税务总局关于企业向境外关联方支付费用有关企业所得税问题的公告》（国家税务总局公告2015年第16号）。
以下，正保会计网校小编为大家简单梳理62条“办法”当中的脉络分布及主要内容。
1.“办法”第4条明确特别纳税调查重点关注以下风险特征的企业
（1）关联交易金额较大或者类型较多；
（2）存在长期亏损、微利或者跳跃性盈利；
（3）低于同行业利润水平；
（4）利润水平与其所承担的功能风险不相匹配，或者分享的收益与分摊的成本不相配比；
（5）与低税国家（地区）关联方发生关联交易；
（6）未按照规定进行关联申报或者准备同期资料；
（7）从其关联方接受的债权性投资与权益性投资的比例超过规定标准；
（8）由居民企业，或者由居民企业和中国居民控制的设立在实际税负低于12.5%的国家（地区）的企业，并非由于合理的经营需要而对利润不作分配或者减少分配；
（9）实施其他不具有合理商业目的的税收筹划或者安排。
2.“办法”第5-14条、第37-46条 明确了特别纳税调整调查过程中税务机关及企业双方应备齐的资料，以及税务机关应该选择的方式等内容。纳税人可以了解接受调查过程中的关键点。
3. “办法”第15-22条 明确了税务机关进行特别纳税调整调查可比性分析因素、转让定价方法，以及关联交易与非关联交易存在重大差异时应如何调整的问题。通过对各种指标关注点的了解，纳税人可以进行及时纠正。
4.“办法”第23-29条明确了税务机关进行特别纳税调整调查的对象选取原则及方式方法，包括是否符合独立交易原则；业务模式的差异；企业为境外关联方从事来料加工或者进料加工等单一生产业务，或者从事分销、合约研发业务原则上应当保持合理的利润水平；以及隐匿交易、抵消交易的调整办法等。
5.“办法”第30-33条 明确了税务机关进行特别纳税调整调查关于无形资产和特许权使用的条款，及实施纳税调整的标准。同时明确了企业境外融资上市不符合独立交易原则须进行纳税调整的相关因素。
6.“办法”第34-36条 明确关联方劳务交易是否符合独立交易原则的相关条款，企业向其关联方支付非受益性劳务的价款，税务机关可实施特别纳税调整。
7. “办法”第37-46条明确了税务机关进行特别纳税调整调查时的调整程序、行政复议、补缴税款和利息，以及变更注销等问题。
8.“办法”第47-61条 明确了企业进行相互协商程序的各种细节问题。确定施行前已受理但尚未达成一致的相互协商案件，适用本办法的规定。
