近年来，企业所得税优惠事项管理方式是一个逐步变革的过程，大体分为三个阶段：

一是2008年之前。《国家税务总局关于印发〈减免税管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2005〕129号）将减免税项目划分为报批类和备案类两种，其中备案为事前备案，全部属于行政审批方式。

二是2008年实施新企业所得税法后，为加强企业所得税优惠政策管理，在国税发〔2005〕129号文件基础上，税务总局印发《国家税务总局关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》（国税函〔2009〕255号），将备案管理进一步细分为事先备案和事后报送相关资料两种方式，明确了实施审批管理的所得税优惠项目。

三是进一步清理审批事项，实行清单管理。2014年2月，国家税务总局2014年第10号公告公布了7项行政许可和80项非行政许可事项，清单中包括20多项企业所得税优惠政策非行政许可审批事项，在清单之外的其他企业所得税优惠事项不再保留审批。2014年4月，国务院《关于清理国务院部分非行政许可审批事项的通知》（国发〔2014〕16号），要求各部委进一步清理非行政许可审批事项，取消面向公民、法人或其他组织的非行政许可审批事项。

按照转变政府职能、明确税企责权、减轻企业负担的原则，经过1年多清理工作，税务总局先后印发了《关于部分税务行政审批事项取消后有关管理问题的公告》（国家税务总局公告2015年第56号）和《关于公布已取消的22项税务非行政许可审批事项的公告》（国家税务总局公告2015年第58号），明确对企业所得税优惠事项全部取消审批，一律实行备案管理方式。