由于建筑业具有与制造业、服务业完全不同的特性，业务和管理更加复杂，“营改增”将给建筑业本身和税务机关的管理带来新的挑战。

名义税负上升，可抵扣部分少。根据《财政部、国家税务总局关于印发〈营业税改征增值税试点方案〉的通知》（财税〔2011〕110号）中的相关内容，建筑业将采取11%的税率，将比营业税下3%的税率有较大幅度的上升，同时建筑业的主要成本是劳务工人的工资支出，这部分是无法进行增值税抵扣的，这些都是导致税负上升的重要因素。

纳税地点由劳务发生地改为机构所在地，导致税源不均衡。建筑业对各个工程项目的管理主要采取内部承包的形式，即总公司将工程项目以承包的形式分包给项目经理，但项目经理仍是公司员工，总公司仍是承担民事法律责任的主体。在这种形式下，总公司仍是名义上的纳税人，分散在各地的项目部不是独立经营的主体，也不属于分支机构。营业税采取的是劳务发生地原则，纳税人可以向应税劳务发生地的主管税务机关申报纳税。而“营改增”后采取的是机构所在地原则，根据“营改增”试点实施办法，固定业户应向其机构所在地或居住地税务机关申报纳税，因此应由总公司向其机构所在地申报缴纳包括所有项目公司在内的建筑业收入。由于“营改增”后的税收收入仍属于地方收入，因此由劳务发生地改为机构所在地，将会影响税收收入的划分，导致地方税源的不均衡。

“包工包料”由混合销售转为混业经营，带来税负上升。建筑业多采取包工包料的形式，即建筑公司在提供建筑劳务的同时，一并提供建筑所需的建筑材料。营业税暂行条例规定，除了提供建筑劳务同时销售自产货物外，建筑公司的混合销售行为应全部缴纳营业税。而“营改增”后，建筑公司如果兼有不同税率的销售货物或者应税服务的，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额，未分别核算销售额的从高适用税率。在原来混合销售下，建筑业销售货物和提供建筑劳务可以一起按营业税税率缴税，而混业经营下，销售货物应按17%征收，提供建筑劳务按11%征收，未分别核算的一并按17%征收，税负要比全部按建筑劳务征收的情况有所上升。

“甲供材料”部分的进项税额无法抵扣。甲供材料即建设方或工程发包方（甲方）提供工程用各类材料物资、动力给工程承接方（乙方），乙方不垫付采购资金，材料发票交由甲方。由于材料的发票是开具给甲方而不是建筑公司的，因此“营改增”后建筑公司无法抵扣这部分材料的进项税额。营业税下纳税人提供建筑业营业额，应当包括工程所用原材料、设备及其他物资和动力价款在内，不包括建设方提供的设备的价款。即使“营改增”后延续这一规定，那么建筑公司应在营业额中计入包括甲供材料在内的所有材料动力等价款，可以将甲方提供的设备价款排除在外，但是抵扣不了设备以外材料部分的进项税额。

就地取材、个体供料的方式影响抵扣凭证的取得。建筑业流动性大、施工地域广，建筑施工中的土方、水泥、砂石等多为就地采购，而这些环节的供应商大部分是个体纳税人，建筑公司难以及时取得抵扣凭证，因此也无法抵扣相应进项税额。

增值税管理要实现以票控税与项目化管理的衔接。营业税下实行建筑业项目管理制度，按项目登记建筑业工程，掌握建筑工程项目进度，监控建筑业项目申报纳税情况和发票开具情况。而增值税管理以纳税人为主体，如果根据机构所在地纳税的原则，需要由机构所在地国税机关建立覆盖纳税人全部项目的监控体系，这在一定程度上超出了目前增值税“以票控税”的管理能力范围，税务机关难以全部掌握异地工程信息，从而带来新的发票虚开和税源流失风险。