根据《国家税务总局关于纳税人申请代开增值税发票办理流程的公告》（国家税务总局公告2016年第59号）规定，自2016年11月15日起，纳税人代开发票（纳税人销售取得的不动产和其他个人出租不动产由地税机关代开增值税发票业务除外）办理流程如下：
一、办理流程
（一）在地税局委托国税局代征税费的办税服务厅，纳税人按照以下次序办理：
1.在国税局办税服务厅指定窗口：
（1）提交《代开增值税发票缴纳税款申报单》；
（2）自然人申请代开发票，提交身份证件及复印件；
其他纳税人申请代开发票，提交加载统一社会信用代码的营业执照（或税务登记证或组织机构代码证）、经办人身份证件及复印件。
2.在同一窗口申报缴纳增值税等有关税费。
3.在同一窗口领取发票。
（二）在国税地税合作、共建的办税服务厅，纳税人按照以下次序办理：
1.在办税服务厅国税指定窗口：
（1）提交《代开增值税发票缴纳税款申报单》；
（2）自然人申请代开发票，提交身份证件及复印件；
其他纳税人申请代开发票，提交加载统一社会信用代码的营业执照（或税务登记证或组织机构代码证）、经办人身份证件及复印件。
2.在同一窗口缴纳增值税。
3.到地税指定窗口申报缴纳有关税费。
4.到国税指定窗口凭相关缴纳税费证明领取发票。
因此，纳税人在国税机关代开发票的办理流程按照不同的受理办税服务厅，可分别依照上述次序办理。
