开发成本中的开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。如何理解直接组织、管理开发项目发生的工资呢？

《土地增值税清算管理规程》（国税发【2009】91号）第二十一条规定，审核扣除项目是否符合下列要求：

1.扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。

2.对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理不一致的，以税务处理规定为准。

《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字）【1995】6号）

第七条规定：“条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：

……

（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。

(三)开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。”

相关项目能否作为土地增值税前扣除项目，与会计上计入哪个科目无关，如公司的开发部、工程预算部、技术部、财务部人员工资能否扣除，应按上述土地增值税的规定处理。如果几个部门是专为该项目而成立，职能即为直接组织、管理开发项目，则其发生的工资可以在计算土地增值税时扣除；否则应作为企业行政管理部门（总部）为组织和管理生产经营活动而发生的管理费用，不得在计算土地增值税时申报扣除。