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土地增值税扣除的申报流程如下：
1. 首先，需要进行土地增值税的计算。计算公式为：土地增值税=（土地出让金-土地成本）×土地增值税税率。
2. 然后，将计算出的土地增值税填写在企业所得税年度纳税申报表的第五部分“应纳土地增值税”栏目中。
3. 在填写完应纳土地增值税栏目后，需要在企业所得税年度纳税申报表的第六部分“应纳税所得额”栏目中填写实际应纳税所得额。
4. 最后，将填好的企业所得税年度纳税申报表和相关证明材料提交给税务机关进行审核和批准。

需要注意的是，不同地区的土地增值税政策可能存在差异，具体操作流程还需根据当地税务机关的规定进行操作。