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在建工程的进度款支付方式主要有以下几种：
1. 按照工程进度支付：根据工程进度完成情况支付进度款，一般按照工程量清单或者合同约定的进度比例支付，如30%、50%、70%等。
2. 按照工程阶段支付：根据工程完成的阶段支付进度款，一般按照工程设计、招标、施工、竣工等阶段支付。
3. 按照工程质量支付：根据工程质量验收情况支付进度款，一般按照验收合格的工程量支付。
4. 按照材料采购进度支付：根据工程材料采购进度支付进度款，一般按照材料采购进度完成情况支付。

在核算进度款支付时，应按照以下步骤进行：
1. 根据支付方式确定进度款支付比例。
2. 根据工程实际完成情况计算应支付的进度款金额。
3. 将支付的进度款金额记入在建工程账户中，同时记入应付账款中。
4. 根据实际支付的进度款金额，计算并确认在建工程的成本。
5. 在建工程完工后，将在建工程账户中的金额转入固定资产账户中，同时将应付账款转入应付账款账户中。