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建筑施工企业在处理工程款的收入确认时，应根据《企业会计准则》第15号——收入的确认，以及《建筑施工企业会计制度》的规定进行处理。

具体操作如下：
1. 确定收入确认时点
建筑施工企业应在满足以下条件之一时确认工程款收入：
（1）已将工程完工，且客户已验收合格；
（2）工程已完工，但客户未验收合格，企业已收到相应款项或可收回的债权；
（3）工程未完工，但已有相关证据表明企业已完成了工程的主要部分，且能够合理确定工程款的收入金额和收入的实现程度。
2. 确定收入金额

建筑施工企业应按照合同约定的价格计算工程款收入，如合同约定不明确，应根据实际履约情况，结合市场价格和成本情况，合理确定工程款的收入金额。
3. 确定收入的实现程度
建筑施工企业应根据工程进度和实际履约情况，合理确定工程款的收入实现程度。一般情况下，可以采用以下方法进行确定：
（1）百分比完工法：根据工程进度百分比，按比例确认工程款收入；
（2）工程量计量法：根据完成的工程量计算工程款收入；
（3）实际成本法：根据实际成本计算工程款收入。
4. 记账处理

建筑施工企业应按照收入确认时点和收入金额，将工程款收入计入当期营业收入，并同时确认相应的成本和费用，计算当期的净利润。同时，应按照合同约定或实际履约情况，计提坏账准备和质保金等相关费用。