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自然人独资有限公司需要缴纳的主要税种包括：
1. 增值税：自然人独资有限公司的销售额超过年度起征点（目前为30万元），需要缴纳增值税。增值税税率一般为3%、5%、6%、9%、11%、13%等。
2. 企业所得税：自然人独资有限公司的年度净利润需要缴纳企业所得税。企业所得税税率为25%。
3. 个人所得税：自然人独资有限公司的业主（自然人）需要缴纳个人所得税。个人所得税税率根据个人所得额的不同而有所不同。
4. 印花税：自然人独资有限公司在办理一些合同、证书等法律文件时需要缴纳印花税。印花税税率根据不同类型的文件和金额而有所不同。
5. 土地增值税：自然人独资有限公司在出售土地时需要缴纳土地增值税。土地增值税税率为30%。

需要注意的是，以上税种的具体适用情况和税率可能会因地区、行业等因素而有所不同。建议自然人独资有限公司在缴纳税款前咨询当地税务机关或会计师事务所的专业人士。