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个税计算公式中的扣除项包括以下三个：
1. 个人基本减除费用：每个纳税人都有一个固定的基本减除费用，用于抵扣个人的生活费用。目前，中国大陆的个人基本减除费用为5000元/年。
2. 社会保险费和住房公积金：个人缴纳的社会保险费和住房公积金可以在计算个人所得税时进行扣除。这些费用的具体扣除标准由税务部门规定。
3. 其他专项扣除：除了社会保险费和住房公积金之外，还有一些其他的专项扣除，如子女教育支出、赡养老人支出、住房租金支出等。这些扣除标准也由税务部门规定。

进行扣除时，纳税人需要在年度汇算清缴时向税务部门申报相关信息，并提供相关证明材料。税务部门会根据纳税人提供的信息和证明材料来核实扣除的合法性，并在计算个人所得税时进行相应的扣除。