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增值税纳税人在期末结转时，需要进行如下操作：
1. 核对销售、进项发票及其他应纳税额，确保准确无误。
2. 根据销售额和进项额计算出应纳增值税额。
3. 根据应纳增值税额和已缴纳增值税额的差额，计算出应补缴或应退税的金额。
4. 如果应补缴税款，则需要在纳税申报表中填写相关信息并缴纳税款。
5. 如果应退税款，则需要在纳税申报表中填写相关信息并申请退税。
6. 在纳税申报表中填写期末结转的相关信息，包括销售额、进项额、应纳税额、已缴税额、应补缴或应退税额等。
7. 根据纳税申报表上的信息，更新会计记录和财务报表。

需要注意的是，增值税纳税人在进行期末结转时，应遵守国家有关税收法规和规定，确保申报信息的准确性和合法性。同时，应及时缴纳税款或申请退税，避免因违规操作而导致的罚款和其他不良后果。