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如果年终奖分两次发放，每次发放都需要计算个人所得税。具体计算方法如下：
1. 第一次发放时，按照全年一次性发放的方式计算个人所得税。即将年终奖的金额与个人全年的收入合并计算个人所得税，并按照税率表进行计算。
2. 第二次发放时，需要先扣除第一次发放时已经扣除的个人所得税。具体计算方法为：第二次发放的年终奖金额减去第一次发放时已经扣除的个人所得税，剩余金额再按照税率表进行计算个人所得税。

需要注意的是，如果第一次发放时已经扣除的个人所得税金额超过了第二次发放的年终奖金额，那么第二次发放时不需要再扣除个人所得税。