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单独计税和合并计税都有各自的优缺点，需要根据具体情况选择。

单独计税的优点是：
1. 每个公司都有独立的纳税义务，可以根据自身情况进行税收规划，灵活性更高；
2. 可以避免一个公司的亏损对其他公司造成负面影响；
3. 对于不同行业、不同经营情况的公司，单独计税可以更好地反映其真实的经营状况。

单独计税的缺点是：
1. 每个公司都需要独立申报纳税，增加了企业的财务成本；
2. 对于有关联关系的公司，单独计税可能会存在避税的情况。

合并计税的优点是：
1. 可以将多个公司的利润和亏损相互抵消，减少企业的整体税负；
2. 简化了企业纳税的程序和成本。

合并计税的缺点是：
1. 对于有关联关系的公司，合并计税可能会存在滥用的情况；
2. 不同行业、不同经营情况的公司合并计税可能会存在不公平的情况。

因此，单独计税和合并计税都有其适用的情况，具体选择需要根据企业的实际情况进行综合考虑。