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首先，需要确定该员工的年终奖是否属于劳务报酬所得。如果是劳务报酬所得，那么计算个人所得税的方式为按照税法规定的适用税率和速算扣除数计算。

根据个人所得税法规定，劳务报酬所得适用税率为20%，速算扣除数为0。因此，该员工的个人所得税应为20万×20%=40,000元。

需要注意的是，如果该员工的年终奖属于其他所得，如股息、红利等，那么计算个人所得税的方式可能会有所不同。此时应根据具体情况进行计算。