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水费差额征税是一种特殊的增值税征收方式，适用于国家规定的一些行业和企业。其基本原理是：将企业实际缴纳的水费与国家规定的水费标准进行比较，如果实际缴纳的水费低于国家规定的水费标准，就需要按照差额进行增值税的征收。

例如，某企业实际缴纳的水费为1000元，而国家规定的水费标准为1200元，那么这个企业需要按照200元的差额进行增值税的征收。具体的税率和计算方法由国家税务部门规定。

这种征税方式的目的是鼓励企业节约用水，减少浪费，同时也能够增加国家税收收入。