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对于工资超过5000的个人所得税计算，应按照以下步骤进行：
1. 首先计算出税前工资总额，即超过5000元的部分。例如，如果工资为6000元，则税前工资总额为1000元。
2. 根据税法规定，个人所得税税率分为7个级别，分别是3%、10%、20%、25%、30%、35%和45%。其中，超过5000元的部分按照10%的税率计算。
3. 计算税前工资总额应缴纳的个人所得税额。以6000元为例，应缴纳的个人所得税额为(6000-5000)×10%=100元。
4. 计算税后工资。以6000元为例，应缴纳的个人所得税额为100元，税后工资为6000-100=5900元。

需要注意的是，对于工资超过5000的个人所得税计算，还需要考虑到其他因素，如社保、公积金等的扣除。具体计算方式需要根据个人具体情况进行综合考虑。