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企业减免的税款应当按照以下步骤入账：
1. 首先，确认减免的税款金额，并将其记录在会计凭证上。
2. 然后，根据减免的税款种类，选择相应的科目进行会计分录。例如，如果是减免企业所得税，应当借记“应交所得税”科目，贷记“其他应付款”科目。
3. 在会计账簿中，将会计分录的借贷方分别记录在相应的科目账户上。
4. 最后，核对减免的税款入账是否正确，确保会计记录的准确性和完整性。

需要注意的是，企业减免的税款属于政府给予企业的财政支持，应当及时入账并反映在财务报表中。同时，企业应当依据相关规定，及时申报减免的税款，避免因未申报或申报不及时而产生罚款等问题。