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小规模纳税人在会计实务中应交税费确实有三级科目。

首先，小规模纳税人需要交纳增值税，这是应交税费的第一级科目，通常记在“应交税费-增值税”科目中。

其次，小规模纳税人还需缴纳城市维护建设税和教育费附加，这是应交税费的第二级科目，通常记在“应交税费-其他税费”科目中。

最后，小规模纳税人还需缴纳所得税，这是应交税费的第三级科目，通常记在“应交税费-所得税”科目中。

需要注意的是，不同的企业会计核算方法和会计政策可能会有所不同，因此具体的会计科目设置也会有所差异。