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小规模纳税人增值税申报表中，抵扣进项税额和留抵税额的填写方法如下：
1. 抵扣进项税额
抵扣进项税额是指小规模纳税人在本期购进货物、接受劳务、自行消费等应税行为中支付的增值税，可以用来抵扣本期销售货物、提供应税劳务等应纳税额。填写方法如下：
（1）在“3.1应税销售额及税额”栏目中，填写本期应税销售额和应纳税额。
（2）在“3.2减：免税销售额、不征税销售额和计税方法不同计算的销售额及税额”栏目中，填写免税销售额、不征税销售额和计税方法不同计算的销售额及税额。
（3）在“3.3销售不动产情况”栏目中，填写销售不动产的应税销售额和应纳税额。
（4）在“3.4销售不动产情况”栏目中，填写销售不动产的应税销售额和应纳税额。
（5）在“4.1应税购进额及税额”栏目中，填写本期应税购进额和应纳税额。
（6）在“4.2减：免税、不征税和计税方法不同计算的购进额及税额”栏目中，填写免税、不征税和计税方法不同计算的购进额及税额。
（7）在“4.3进项税额转出”栏目中，填写本期进项税额转出的金额。
（8）在“5.1本期应纳税额”栏目中，填写本期应纳税额。
（9）在“5.2本期抵扣税额”栏目中，填写本期抵扣进项税额。
2. 留抵税额

留抵税额是指小规模纳税人在本期无法全部抵扣的进项税额，可以留抵到下期申报期限抵扣。填写方法如下：
（1）在“5.3留抵税额”栏目中，填写本期留抵税额。
（2）在下期申报时，将留抵税额填写在“5.4上期留抵税额转入本期”栏目中，用于抵扣本期应纳税额。