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是的，事业单位的会计核算应该遵循《事业单位会计制度》的规定。根据该制度，事业单位应该采用基金会计核算和项目会计核算相结合的方式进行会计核算。其中，基金会计是指将事业单位的资金按照资金用途和性质划分为不同的基金，并对每个基金单独核算，以保证基金之间的独立性和相互不干扰。而项目会计是指将事业单位的活动按照不同的项目进行核算，以便于对各项活动的成本和效益进行监控和评估。通过基金会计和项目会计的结合，事业单位可以更加科学地管理和运用自己的财务资源，提高经济效益和社会效益。